2、营业税改征增值税发展
2011年，经国务院批准，财政部、国家税务总局联合下发营业税改增值税试点方案。从2012年1月1日起，在上海交通运输业和部分现代服务业开展营业税改征增值税试点，营改增拉开帷幕。自2012年8月1日起至年底，国务院将营改增试点扩大至10省市。截止2013年8月1日，“营改增的范围已推广至全国试行。国务院12月4日主持召开国务院常务会议，决定从2014年1月1日起，将铁路运输与邮政服务业纳入营业税改征增值税试点，至此交通运输业已全部纳入营改增范围。2014年6月，电信业也纳入营改增范围。2015年将继续推进营改增，力争将范围扩大到建筑业和不动产、金融保险业、生活服务业，由此将带来800万试点纳税人，户数是现在总量的两倍。
3、铁路运输企业营改增现状
3.1、财政部、国家税务总局发布“营改增”一系列的通知、公告，从政策层面破解铁路运输业实施“营改增”的难点问题
主要有2013年12月12日发布了《关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》(财税【2013】106号)、2013年12月18日发布了《关于铁路运输和邮政业营业税改征增值税发票及税控系统使用问题的公告》(国家税务总局公告2013第76号)、2013年12月30日发布了《关于铁路运输企业汇总缴纳增值税的通知》(财税【2013】111号)、2014年1月20日发布了《铁路运输企业增值税征收管理暂行办法》的公告(国家税务总局公告2014年第6号)、2014年1月21日发布了《关于铁路运输和邮政业营业税改征增值税后纳税申报有关事项的公告》(国家税务总局公告2014年第7号)等文件，详细规定了铁路营改增过渡性政策、税率税目、计税方法、纳税申报、税款预缴、传递单流转，财政部、国家税务总局出台的这些规定，从政策层面破解了铁路行业实施“营改增”在制度执行上存在的难题，极大程度化解了铁路运输业实施“营改增”所面临的税务征管与稽查风险。
3.2、中国铁路总公司制定“营改增”系列办法，使全路同步实施“营改增”有了可操作性的制度遵循
由于铁路运输业具有货票全路联网性质，以及总公司实行增值税汇总缴纳、铁路局和基层站段进行预缴的税收政策，需要全路制定统一的“营改增”具体运用指南，提高其可操作性，规避税务风险。制定了《中国铁路总公司增值税缴纳实施办法》(铁总财【2014】77号)，主要是结合铁路实际，从操作层面进行了细化，提供铁路运输及物流辅助服务的销售额及预缴基数确定、进项税额和已缴纳增值税额归集汇总、铁路运输企业分支机构增值税汇总纳税信息传递单传递流程、税率和预缴率、纳税申报时间等;制定了《铁路运输企业增值税会计核算办法》(铁总财【2014】78号)，主要对如何进行增值税会计核算进行了明确。此外，各铁路运输企业结合铁路局、基层站段、控股合资公司的实际情况，制定了本企业的“营改增”相关办法。例如，郑州铁路局制定了《郑州铁路局增值税票据管理办法》、《郑州铁路局增值税会计核算办法》等，有效推进了铁路“营改增”工作在执行层面的规范有序进行。
4、铁路“营改增”税务管理存在的风险
目前，铁路会计实行分级核算制，资金按“收支两条线”管理，按照“收入来自市场，旅客运输、专业运输承运结算，普通货运分段计算，提供服务相互清算”的清算思路来确定各铁路局的实际经营收入。因此，铁路运输企业组织结构复杂，应税服务种类繁多，“营改增”实施难度较大。其税收行政管辖与基层站段管理区域不一致，加上“营改增”初期人员业务素质参差不齐、业务类型较多等因素，管控税务风险需要统筹规划。
4.1铁路运输业增值税发票使用风险
一是发票开具风险。受铁路运输组织和货票系统的影响，铁路货物运输使用11%的铁路运输业增值税专用发票和6%的增值税专用发票，需由各车务站段的货运员和行包员开具，他们不是财务人员，对增值税发票知识匮乏，对实际受票方往往界定不清，在一定程度上存在虚开增值税专用发票的风险。二是红字发票开具和退款业务，对如何开具红字发票的政策掌握不清楚，存在着增值税专用发票错开及超期无法开具的风险。三是增值税专用发票保管的风险。目前增值税专用发票作为铁路企业原始凭证要求保管15年，另外发票由财务科领取后发放各开票点，开票点人员素质参差不齐，在发票的保管和传递上存在着增值税专用发票管理不善和丢失的风险。
4.2增值税进项税抵扣和转出风险
按照《中国铁路总公司增值税汇总缴纳实施办法》规定：“纳税单位新建、改建、扩建、修缮、装饰属于《铁路运输企业固定资产管理办法》中的土地、房屋、建筑物、线路(不含隔离网)等属于《财政部、国家税务总局关于固定资产进项税额抵扣问题的通知》(财税【2009】113号)中不得抵扣的资产而购进货物、接受应税劳务及服务的进项税额不得抵扣，按照以上规定，当基层单位的'不可抵扣项目，如果未及时提出进项税转出，易产生多抵扣进项税的风险。所属运输企业物资段等单位，集中采购材料等物资并抵扣进项税额后，其他单位领用并发生税法规定不得从销项税额中抵扣情形的，由领用单位将该进项税额转列成本，并给物资段转列通知书，由物资段做进项税额转出处理”。按照以上规定，当基层单位发生材料用于不可抵扣项目或用于就地缴纳增值税业务是，如果未向物资供应段及时提出进项税转出申请，物资供应段易产生多抵扣进项税的风险。
4.3增值税汇总纳税时限性风险
按照铁路运输企业“营改增”汇总纳税的相关规定，基层单位预缴基数由运输企业收入部门于次月6日内提供，各单位财务部门按月向主管税务机关申报并预缴税款。因此，收入部门要及时提供预缴基数，尤其是预缴期是季度时，铁路总公司在北京海淀区国家税务局汇总纳税。铁路局收入部门在每月6日提供基数，基层站段(合资公司)按此基数到所在地税务机关报税、预缴税款和传递单盖章，然后由基层站段(合资公司)上报税务月报和传递单给铁路局，税务月报和传递单经铁路局汇总后，报铁路总公司，这一系列纳税活动必须在税务局规定的预征期内完成，否则将产生税收滞纳金，存在税收滞纳风险。