2、不断提升“世界加工制造业重要基地”的功能，通过与跨国公司开展深层次合作提升外资的技术、治理和资金档次。
要鼓励国内有竞争力的企业为跨国公司提供更高层次的合作配套，不断加快“干中学”和毕业的速度，使加工贸易环节由简单技术和工序的组装，提升到辅件、一般零部件、主要零部件、关键零部件的加工制造，以至升级到高级复杂的知识技术密集型组装环节，真正把握参与和治理全球化企业的经验和窍门。在这方面，政府提供公平竞争的准入平台，创造更规范的投资和竞争环境，比优惠政策竞争更重要。
3、加工贸易的主体要由外商投资企业为主逐步向国内企业、尤其民营企业为主转变。
目前，加工贸易中外商投资企业占80％，民营企业仅占5％；机电产品和高新技术产品的加工贸易，基本是外商投资企业。这反映了国内企业目前参与全球化的能力仍很薄弱。但从长远来看，对中国这样的大国来说，主动参与全球化的进程，可以充分发挥我国在资源配置、供给链治理以及市场控制等方面的优势。因此，下一阶段加工贸易转型升级的重点，应是培育、鼓励、扶持国内企业大力发展加工贸易，研究制定有关政策，鼓励国内企业通过国际合作以及政产学研联合，有效利用国内国外两种资源、两个市场搞进料加工出口。由于多数国内企业缺少全球化人才和国际资讯网络，应考虑建立开放共享互利的公共服务平台和合作机制。
4、对加工贸易要从严密监管向风险治理、贸易投资便利与规范高效科学的监管方式转型。
对此，一是建立企业守法自律机制和随机检查监督制度相结合。对加工贸易的监管，最大的难度是遍地开花，监管执行的成本太高。因此，首先应建立企业守法自律机制，包括合同、票据、凭证以及财务帐目等原始资料。数据的完备性，企业诚信状况的评级及违法记录，企业法人代表和当事人的责任和义务等明确的规定；建立监管部门与企业的良好伙伴关系，把责任重点转移到企业自身而不是监管部门。监管部门在确保加工贸易企业贸易便利和诚信的前提下，实施随机的检查监督，一旦发现有违法行为，则严惩不贷。作为企业守法自律机制的保证，对企业诚信状况要有一套相对完备的评价体系。这套体系应与企业其他诚信认证系统相兼容，以全面获得企业是否讲求诚信的`资料和数据。只有处理好企业自律和高效执法之间的关系，才能够真正提高监管效能。
二是建立和完善加工贸易的现代监管制度。这套制度首先是规则化治理，不能随意改变或任意解释；其次是有明确的执
行程序，公开透明，依法行政；再次是有合理的组织架构，这种架构应是由海关、边检、工商、税务、口岸治理等纵向一体化组织分别治理向扁平化的综合协调监管的组织架构过渡；最后，监管应当是简明有效。虽然加工贸易星罗棋布、遍地开花是中国特色，但监管体系建设仍应逐步向国际规则接轨。在这方面，政府职能要真正实现转换，明确监管部门的第一要义是提供“服务”，然后才是有效“监管”。要达到这个目标，就要求加快监管体制的改革，包括调整监管职能，提高监管人员素质，建立人才激励机制，使监管有利于加工贸易的发展而不是增加发展的障碍。
三是大力发展电子化监管体系。在简化程序的同时又要保证有效监管，就应加强监管手段和工具的现代化，包括监管的电子和网络化改造。目前存在着一种倾向，即技术和网络投资过度，投入了巨额资金改造技术和设备，使监管的技术基础设施达到了国际水准，但这些技术设备的应用效能很低，出现了硬件过度发展，软件严重滞后，资源严重浪费的现象。改变这种情况的一个办法，就是从监管对象的实际需求出发，通过公开招标的方式进行电子基础设施的软硬件投资和改造，并提高监管部门的应用水平和能力，从而形成有形和无形监管相结合的新监管体系。
四是对不同监管机构的职能进行横向整合。目前从加工贸易的发展来看，一是加工制造技术的不断升级，如从装配到简单技术零部件生产，再到较复杂零部件的生产等；二是从加工制造环节向下游延伸，如发展出采购、分销、配送网络；三是向上游延伸，如进入到新产品开发和新技术研发。在这种情况下，按条块职能分工的监管组织形式很难适应发展的要求。因此，应建立各种职能交叉的复合人才汇集的监管组织，并根据实际情况灵活地加以调整和重组。在这种情况下，监管机构往往需要跨部门、跨地区、跨职能作业，这就需要更大范围内的监管体制和组织的改革。
5、加工贸易应有一个长期战略。
首先，应把引进来、扎下根、本地化作为不同阶段的目标和任务，创造产业、产品、工序的转型升级和技术进步的良性机制。其次，加工贸易应由加工制造为主逐步向采购、加工制造、分销服务、售后服务以及研发、信息资讯等方向转型升级，沿着价值链逐步由低向高、由简单向复杂、由生产向综合服务和全球运营方向转型升级，其中全球化综合人才的培养和选择机制至关重要。再次，加工贸易的未来转型升级应与新发展观相一致，向经济、社会和自然协调可持续发展的方向转型，尤其要果断抵制对经济、社会和自然有长期负面影响的投资、生产和服务性活动。目前，即使在实际使用外国直接投资最多的广东、江苏，不少市县政府依然存在着眼于短期利益和局部利益的行为，对外国直接投资项目基本上是来者不拒，很少加以合理选择。最后，为了保障加工贸易的顺利发展，要针对不同产品、产业和地区进行分类治理。
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