八十年代以后，当史学摆脱了意识形态的阴影，而新的解释框架暂时又无法提供操作的范例时，乾嘉传统便开始重新发扬光大。此刻，它不仅是一种功夫论，也上升为一种史学观，相信历史是一种客观的实在，史学的使命就是通过对史料的发掘，尽可能真实地揭示这一实在。到九十年代，乾嘉传统已经无可争议地成为当代中国史学的主流。在史学界大大小小的主流刊物或专业刊物上，几乎是千篇一律的形式化分类或编年史框架的史学论文，对历史的主观释读被挤压到最低的限度，追求客观化、实证化和真实性，成为史学的最高境界。当哲学家、文学家和社会科学家正在探索多元的学术话语的时候，历史学家们却是那样地自信，相信只要手握独家资料，就占有了历史真相本身。
在这方面最典型的莫过于对陈寅恪的误解了。作为一代宗师，陈寅格的史学成就是无庸置疑的。然而，在史学界，却有不少人仅仅在诸如精通多少国外语啦、史料如何熟悉啦、考证本领如何了得啦这类功夫论上祟拜陈寅恪，独独忽略了大师之所以为大，不仅在于上述这些工匠之技，更重要的乃是对历史有大识见。何兆武先生曾深有洞见地指出：‘陈寅恪先生继之以兰克学派的家法治史，蔚为一代宗师。陈先生曾留学德国多年，惜乎其受兰克学派的熏陶和影响，至今仍未能受到当代治史学者的重视。与人们通常的观念相反，兰克学派决不仅以考籍为尽史学研究之能事。在他们考订史学的背后，是有着他们深厚的世界观和哲学信念作为其指导思想的。所谓‘客观如实’的那个‘如实’，乃是指符合他们的世界观和哲学信念的体系。”
何兆武先生的意思很明白：陈寅恪那些精彩的观点，是无法仅仅从所谓“客观的”史料中必然地推演出来，其问渗透着多少这位文化遗民的忧患意识和对历史的大识见。一九五八年大跃进的时候，郭沫若曾号召历史系学生也来个大跃进，在史料掌握上超过陈寅恪。似乎陈寅恪的史学观已经陈旧不堪，只要在史料占有量上超过他，就大获全胜了。假使陈寅恪仅仅意味着史料占有的丰富，那么，到电子时代的今天，按理说陈寅恪完全可以批量生产了。然而，稍有常识的人都知道，电脑可以替代人的记忆，却永远无法替代人的思想，尤其是那些原创性的大突破。“深蓝”可以打败国际象棋顶级大师，但它能够下出一步举座皆惊的大妙着吗?就掌握的对局“史料”而言，“深蓝”远远超过了任何一个对手，但它依然不能成为常胜将军，人类总是拥有新的智慧去对付它。奕棋尚且如此，况乎史学!史料本身不是历史，即使拥有再多，也是死去的沉默者。惟有史家的个人解读、主观阐释，才能激活它们，让它们说话，构成一部活生生的史诗。“什么(事实)”本身无法直接推演出“为什么(因果联系)”，对后者的回答还需要事实之外的东西，比如大的历史观、价值信念、研究方法，以及更开阔的知识背景。
陈寅格能成为大师，乃因为其除了拥有“事实”之外，还拥有大历史观。尽管他做的都是微观的，但背后的关怀是宏观的。俞大维回忆说：“他平生的志愿是写一部‘中国通史’，及‘中国历史的教训’……目的是在历史中寻求历史的教训。他常说：‘在史中求史识。’”之所以至死都不曾一了宿愿，非不欲也，乃不能也。一九四九年以后的新意识形态只容忍陈寅恪的功夫论，而拒绝他的历史观。今天的我们不能将陈寅恪当年的不自愿当做自觉的选择，将终身的遗憾误解为大师的圆满。
历史学要进步，除了要有史料的不断发掘和发现之外，还需要史学之外的跨学科知识滋养。这一问题，早在半个世纪之前，就为被严耕望誉为中国现代史学四大家之一的吕思勉所觉察。这位与陈寅恪、陈垣、钱穆齐名的史学大师虽然熟读二十四史，却清醒地看到史学的根基不在史料，而是社会科学。他说：“史学是说明社会之所以然的，即说明现在的社会为什么成为这个样子。…前人的记载，只是一大堆材料。我们必先知观察之法，然后对于其事，乃觉有意义，所以各种社会科学，实在是史学的根基，而尤其是社会学。”然而，如今我们的史学界主流体制，与其是在鼓励多元的史学风格，还不如说在提倡单一的乾嘉传统。这样的知识体制所培养的史学研究者，不再是像陈寅恪、吕思勉那样知识渊博的通人，而仅仅是匠气十足的专家。史学堕落为一门纯技术的学科，在考证史实的背后，不再有炽热的史的关怀，不再有尖锐的问题意识。不少治史者犹如“雨人”一般，除了自己那个狭而又窄的专业领域之外，在知识的其他领域 (包括史学的非专业领域)，显现出的是惊人的无知。
随着这二十年对外学术交流的扩大，上述现象不仅没有改变，而且还受到了洋学者有意无意的鼓励。在英语为话语霸权的国际学术圈中，西方人从来不承认汉语学者有值得自己重视的一流成果。如果后者还有存在的必要，那仅仅是因为可以为洋人提供未经理解和整合的初加工产品，或为西方的理论提供又一个东方例证。于是，在西方眼光上受到西方社会学的重大影响，但在功夫论上依然是历史的、经验的和中国传统的。这种不彻底并非缺陷，倒是预示着某种可能性：西方多元的社会科学理论与中国的史学功夫论完全有可能通过融合，创造出史学研究的若干新范式。
中国的两种史学传统，无论是以古鉴今的教化传统，还是求真求是的实证传统，本身无所谓过时，在中国新史学的探索过程中，仍然是珍贵的本土资源。然而，仅仅凭藉老传统抱残守阙，是无法走向二十一世纪的。从这个意义上说，当代中国史学的危机还远远没有过去。杨念群这本著作所引起的争议，倒是从一个侧面印证了这一危机的深度，同时也预示着走出危机的可能性。
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