1993年5月，被武隆县江口镇当地6位村民偶然发现，随即引起当地县委、县政府的高度重视，集中人力、物力、财力，高起点、高标准、高水平开发芙蓉洞。
1994年8月，中英美联合探险队对勒索洞庞大的洞穴群体进行科学考察，国际洞穴协会副会长、中英美联合探险队长安迪先生考察芙蓉洞后评价"芙蓉洞是目前中国最好的旅览洞穴，也是世界上最好的旅览洞穴之一"，中国地质学会洞穴研究会会长、中方队长朱学稳教授考察芙蓉洞后评价"芙蓉洞是一座斑斓辉煌的地下艺术宫殿和内容丰富的洞穴科学博物馆"。
1996年8月，中英联合探险队再次对武隆芙蓉洞群进行科学考察，这次考察，科考取得重大进展，芙蓉洞是一个庞大的洞穴群体已初步探明，科考队历尽千辛万苦也未能找到芙蓉洞天然出口，由于设施设备的限制，中英联合探险科考队第二次赴芙蓉洞洞群的科学考察也未能得出科研成果。
2001年6月15日，受国际洞穴协会副秘书长安迪先生的委托，中英美三国联合探险队组织强大的陈容和先进的科，第三次对武隆芙蓉洞洞群进行为期一个月的科学考察，此次科考队队长布朗·贾德先生在新闻发布会上透露，这次对芙蓉洞洞群进行考察，一定能够探测出想象中的结果。
2001年6月15日，中英美联合探险科考队一行19人进驻芙蓉洞洞群科考活动大本营（武隆县天星乡），16日起正式对芙蓉洞方圆约100平方公里范围内对芙蓉洞庞大的洞穴群体进行科学考察。经过近5天的艰苦探测，芙蓉洞洞群庞大的地下河水系星罗棋布，现已初步探明，芙蓉洞洞群之一的"大消洞"很可能是目前国内现已发现的洞穴中最深的洞穴之一，芙蓉洞洞群交错分布的地下河水系的出口很可能在芙蓉江边的四方洞和芙蓉江边的"龙孔飞瀑"处，最终汇集到芙蓉江。
1996年，芙蓉洞开始组织申报世界自然遗产，2004年，被纳入申遗提名地。
钟乳石类型
化学沉积物种类繁多，从宏观到微观，、从碳酸盐类到硫酸盐类，包括世界各类洞穴近 30 余个种类的沉积特征。其中有宽15 米、高21 米的石瀑和石幕，光洁如玉的棕桐状石笋，粲然如繁星的卷曲石和石花等，其数量之多、形态之美、质地之洁、分布之广，为国内罕见。净水盆池中的`红珊瑚和犬牙状的方解石结晶更是珍贵无比。大量的次生化学沉积形态，构千年成目不暇接的各种景观数十处。洞中主要景点有金銮宝殿、雷峰宝塔、玉柱擎天、玉林琼花、犬牙晶花、之吻，动物王国、海底龙宫、巨幕飞瀑、石田珍珠、生殖神柱、珊瑚瑶池等。进芙蓉洞游览，使人感受到大自然的神奇造化。
形成原因
（Speleothems，即钟乳石类，芙蓉洞中有碳酸盐岩和硫酸盐岩两类化学类型）琳琅满目，丰富多彩，几乎包括钟乳石所有沉积类型，达70多种。如：石钟乳、石笋、石柱、石幕（小的为石幔）、石瀑布、石旗、石带、石盾、石葡萄、珊瑚晶花等。其矿物组成主要是方解石和石膏，也有文石、水菱镁石。其中大多数种类存在数量之众多，形态（有针状、丝发状、丝缕状、发簪状等）之完美，质地分布之广泛，在国内发现中，多属绝无仅有，而某些类型，更为国内罕见，世界稀有。
70多种次生化学沉积物所构成的丰富景观，辉煌壮丽，玲珑剔透，华丽奇巧，令人目不暇接。中国洞穴研究会会长朱学稳教授评价说："芙蓉洞是一座斑斓辉煌的地下艺术宫殿。"澳大利亚洞穴协会专家盛赞"芙蓉洞美丽的棕榈状石笋、红珊瑚池和石膏花等都是世界上属于特级的景物"。世界洞穴协会会长安迪称其为"世界最好的游览洞穴之一"。在一九九四年芙蓉洞被评为中国100多溶洞之第一，冠之以"溶洞之王"的美名，被公认为地下最美的风景。它不仅有很高的旅游价值、美学价值，而且在地层学、矿物学、地貌学、水文学、地球化学、生物学、第四地质学、古气候学与古环境学、考古学等一系列的科学领域方面极具研究价值。
芙蓉洞分三大景区，第一景区以色彩斑斓的高调为主，第二、三景区则以重科学和色调还原自然为主线。洞内比比皆是，一步一景的景观中主要解说景点30余处，其中在国内外属特级景点有10余处，尤其是宽15。76米，高21。04米的巨型石瀑布;面积32平方米，水深0。8米，处在生长旺盛期的珊瑚瑶池;长120厘米，周长124厘米的"生命之源";生长旺盛的石花之王;世界绝无仅有的犬牙晶花石五绝，是世界洞穴景观的稀世珍品。
经10余年英、美、奥、加、中等20多国科学家长期探险科考，确认芙蓉洞不仅本身是一座大型的旅游与科考价值极高的洞穴，在以其为中心的周围还发育有一个以大量竖井和平洞组成的庞大的洞穴群——芙蓉洞洞穴群，使其与美国的"猛犸洞"，法国的"克拉姆斯洞"并称世界三大洞穴。
由同汽坑洞、摔人洞、卫江岭洞、垌坝洞、新路口洞、水帘洞、芙蓉洞、干矸洞和四方洞等洞穴组成。以汽坑洞为代表的垂向洞穴是洞穴探险爱好者和探险家的乐园，以芙蓉洞为代表的横向洞穴，则是游人崇尚的最佳去处。洞体规模宏大，洞内次生物理—化学沉积物多样而丰富，洞穴的各种溶蚀形态，壮观的崩塌堆积，目不暇接的钟乳石类，现阶段不同处境的洞内池塘，石钟乳的坠落及其破坏现象等等无不记录着它的沧桑历史演进过程，我国的著名洞穴专家朱学稳教授评价说"从科学研究和科学普及方面看，芙蓉洞堪称是"一座洞穴科学博物馆"。
武隆芙蓉洞实时监控系统是由中国地址科学院岩溶地址研究所通过科研渠道研究的最新结果，也是中国地址学院岩溶地址研究所重庆喀斯特研究院的首项启动项目。它主要是通过设立洞穴环境自动监测系统，对洞内的空气、湿度、二氧化碳、氧气环境等进行自动观测，并对洞内相关要素进行对比分析和测定，以确保更好的保护洞穴内岩溶地质资源。它的建成，对芙蓉洞内的新景观的综合开发和采取合理有效的保护措施提供准确和科学的依据。据了解，芙蓉洞是国内第一个建立和安装长期观测环境系统的洞穴。同时，通过有效的科学管理和监测，使芙蓉洞洞穴内的资源开发和保护措施走在洞穴类的最前列。 据景区负责人介绍，该项目总投资为120万元，初步计划在“巨幕飞瀑”景点、“石膏花”出洞口、芙蓉洞的入口设立3个120万元监控点。
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