但是，众所周知，就是在此之后，在1949年中华人民共和国成立前后的那几年，沈从文遭遇了一连串的打击，走进了他人生的低谷———
1948年3月，在香港出版的《大众文艺丛刊》第一辑“文艺的新方向”发表了一组批评沈从文的文章，包括《对于当前文艺运动的意见》(署“本刊同人P荃麟执笔”)、《斥反动文艺》(郭沫若)、《略评沈从文的〈熊公馆〉》(乃超，所评为沈从文当年1月3日在天津《大公报》发表的散文《芷江县的熊公馆》)等。在这些文章中，邵荃麟说沈从文“躲在统治者的袍角底下，企图抓住一二弱点，对新文艺作无耻的诬蔑”;冯乃超说沈从文是延续着“清客文丐的传统” 的“奴才主义者”和“地主阶级的弄臣”，其作品“正是今天中国典型的地主阶级的文艺，也是最反动的文艺”;郭沫若则宣称沈从文是“御用文士”、“风流小生”、“桃红小生”，他的小说是在“作文字上的裸体画，甚至写文字上的春宫”，又说：“特别是沈从文，他一直是有意识地作为反动派而活动着。”
1949年1月上旬，沈从文工作的北京大学的学生在“民主墙”上贴出标语：“打倒新月派、现代评论派、第三条路线的沈从文。”随后，又有人在壁报上张贴了用大字全文抄录的郭沫若的《斥反动文艺》一文。沈从文因承受不住这些强烈刺激而精神失常。
1949年3月28日，由于巨大的政治压力导致精神危机，沈从文曾经试图自杀，幸被及时发现而获救。随后，沈从文被送入精神病医院。到他4月间出院时，北京大学中国语文学系已经没有他的课程了。