本来，曾国藩在六月二十三日的报捷折中还向朝廷请示，李秀成、洪仁达“应否槛送京师，抑或即在金陵正法，咨请定夺”。按理，曾国藩应在朝廷“定夺”之后行事，但是，他没有这样做，却在七月初六放出李秀成饮宴了一番之后，便将李凌迟处死了。把李秀成槛送京师，是当时各方面的共同意见，就是曾国藩本人也是这么认为的。但他又为什么不等朝廷的命令而将李秀成匆匆处死了呢？他给朝廷做了一番解释。他认为，除了洪秀全之外，其余的都没有必要解送到京师，陈玉成和石达开就是现成的例子。再者说，李秀成自知罪重，到哪里也是死，微臣担心他在途中绝食，或者逃跑，留下祸患，就与弟弟曾国荃再三商量，统一了意见，就地正法了。
曾国藩生怕这样的解释交代不了朝廷，于是在另一奏折中进一步解释说，李秀成很得民心，党羽很多，威信很高，号召力很强，如果不迅速杀掉，则贻害无穷，所以就把他杀了。
真实的情况是曾国藩害怕一旦把李秀成解送京师，李秀成的供词与自己连日来的奏折不符，这样他就犯了欺君之罪，吃不了也得兜着走了。比如，曾国藩报捷说，破了金陵当日，杀“贼”十万，而当时城中连居民也不过三万多人，怎么来的十万？至于天京的“金库”，李秀成自然是一清二楚的……想到这些情况，精明的曾国藩自然是不会把李秀成解送京师的了。
曾国藩为了保护自己，什么谎话都敢编造。本来，朝廷在六月二十九日的谕旨中明确命令他“遴派妥员，将李秀成、洪仁达押解来京”。曾国藩于七月初六收到了谕旨，而他就在当天把李秀成杀害了。过了半个月，他才慢腾腾地于七月二十日复奏说，微臣在初十日才收到谕旨，仔细算一下，臣应该在初六日就收到谕旨了，但不知道什么原因竟迟了四日。谕旨是由安庆转递江宁的，不知道是何处驿站出了差错。朝廷为了利用曾国藩，虽然也下令挨站严查，最终却没有结果，只好不了了之。