争议为他日后的出走埋下了伏笔，2004年，公司朝着上市的方向大踏步迈进，一切看起来越来越好，而董事会却决定用职业经理人孙坚代替创业者季琦。
沈南鹏曾公开谈到，请走季琦是“如家做得最对的一件事。他可以创办如家，但当如家发展到一个高峰，需要从20家、30家扩张到200家的时候，就需要有一个懂得连锁经营的职业经理人来统领企业。”
对此，季琦在《波士堂》节目中，对于“携程四剑客”，他称沈南鹏为“沈先生”，其他两人均直呼其名。
两年的禁止进入同业时期后，季琦又杀回酒店业。一个朋友问他：“中国未来可以容得下几家大型经济型连锁酒店？”季琦说四五家是至少的吧。朋友又问：“中国有人比你更熟悉经济型酒店行业吗？”他想了想：“我不敢说是惟我一个，但也是其中之一吧。”
于是，他又重新杀进了这个竞争已经高度白热化的行当。
和竞争对手相比，汉庭的特色在于服务更为精细，季琦不无得意地在博客上总结成功之道：“不再用比较卡通和张扬的彩色色块，而是改为较为沉静平和的温馨风格；时尚简约的专利卫生间；光纤接入、双网口、公共区域无线覆盖的升级互联网服务；房卡、会员卡、梯禁门禁的一卡通；不用退房的“无停留离店”；有利于颈椎的荞麦枕头；有格调的印象派油画……汉庭快捷俨然是老版经济型酒店的升级版。“在选址上和其他品牌错开，我们要进入中心城市的中心位置，以长三角为主，逐步向渤海湾和珠三角发展。一开始就将最主要的经济地区连成子网络，对于商务客人来说比较方便。”
对于他个人来说，这一次是真正掌控了自己命运。柳传志告诉他：“公司要有主人。”创始团队始终掌握了五成以上的股份。 金融危机时，季琦自己掏钱追加购买公司股份，为的是给投资人和公司员工以信心，事后经历显然说明，这是他做的最划算的一笔投资。
对于未来，季琦从来没有表达过要做新事业的决心，在经济型酒店行业搞“微创新”成了他眼下最重要的工作。
毕竟，这一次，他终于成了公司的主人。