元和八年（813年），晋升为比部郎中史馆修选，完成《顺宗实录》著名史书编写。元和九年（814年），韩愈任考功郎中知制诰，第二年晋升为中书舍人。元和十二年（817年），协助宰相裴度，以行军司马身份，平定淮西乱，因军功晋授刑部侍郎。
元和十四年（819年），宪宗皇帝派遣使者去凤翔迎佛骨，京城一时间掀起信佛狂潮，韩愈不顾个人安危，毅然上《论佛骨表》，痛斥佛之不可信，要求将佛骨 “投诸水火，永绝根本，断天下之疑，绝后代之惑。”宪宗得表，龙颜震怒，要处以极刑。幸宰相裴度及朝中大臣极力说情，免得一死，贬为潮州刑史。韩愈任潮州刑史八个月，概括说来：驱鳄鱼、为民除害；请教师，办乡校；计庸抵债，释放奴隶；率领百姓，兴修水利，排涝灌溉。千余年来，使潮州成为具有个性特色的地域文化，潮州地区成为礼仪之邦和文化名城！
元和十五年（820年）九月，韩愈诏内调为国子祭酒。长庆元年（821年）七月，韩愈转任兵部侍郎，第二年，单身匹马，冒着风险赴镇州宣慰乱军，史称“勇夺三军帅”，不费一兵一卒，化干戈为玉帛，平息镇州之乱。九月转任吏部侍郎。
长庆三年（823年）六月，韩愈晋升为京兆尹兼御史大夫。京兆之地称复杂难理，在韩愈整治下，社会安定，盗贼止，米价不敢上。后相继调任兵部侍郎、吏部侍郎。
长庆四年，韩愈因病告假，十二月二日，因病卒于长安，终年五十七岁。
韩愈思想渊源于儒家，但亦有离经叛道之言。他以儒家正统自居，反对佛教的清净寂灭、神权迷信，但又相信天命鬼神；他盛赞孟子辟排杨朱、墨子，认为杨、墨偏废正道，却又主张孔墨相用；他提倡宗孔氏，贵王道，贱霸道；而又推崇管仲、商鞅的事功。他抨击二王集团的改革，但在反对藩镇割据、宦官专权等主要问题上，与二王的主张并无二致。这些复杂矛盾的现象，在其作品中都有反映。