经过薛时雨的整治，杭州逐步恢复了生产和经济，百业兴旺，文人墨客常聚会于西灵隐寺，赏玩景色，吟诗作画。距灵隐寺不远有一座“风月亭”，风光月色令人赏心悦目，亭旁有一块平整的山石。大家提议请文人墨客题字，可请谁呢?人们早知薛时雨文思不凡，便恳请他题字。推辞不过的薛时雨端坐在风月亭中，略加思索便站起来，挥笔写下了两个遒劲的大字“虫”和“二”。写完放下笔，欣然离去。众人不解，猜测议论纷纷，有一位秀才，干脆找到杭州府来，“薛大人，不知您为湖心亭前所书‘虫’和‘二’是何意，请指点指点。” 薛时雨哈哈一笑道：“‘虫’者，是“风”去掉几，意为风无边，‘二’者，是‘月’去掉‘月’，意为月无际，‘虫’和‘二’合起来便是‘风月无边’之意啊。”秀才听了连声赞绝，薛时雨智题湖心亭的传说，很快在人们中流传开来，至今在湖心亭的岛南仍留有这块石碑。
薛时雨杭州任知府三年多，深得百姓爱戴，却受到了同僚的诋毁。恰在这时，任御使的仲兄薛春黎前往江西主考乡试，在试院暴病身亡，巡抚急调薛时雨改任江西乡试提调官。在充任提调官中，薛时雨看透了官场腐败，愤然托病辞归，这年他还不到50岁，浙江巡抚马新贻深知他的学识才干，以二品衔候选道解来挽留他，他却坚辞不授。最后，马新贻提出聘他于杭州主讲“崇文书院”，他答应了。他在杭州主讲崇文书院三年，写下了大量诗词歌赋，评论家秦湘叶评价他的诗词 “如西湖山水清而华秀而苍，往往引人入胜，趋向固不外白苏一二家，而伤时感事之作沉郁顿挫且骏骏乎人杜陵之室……”他培育了许多人才，最著名的有张预、冯熙等人。由于他兴办教育做出了成绩，浙江人在杭州西湖凤林寺后为他建造住舍，取名“薛庐”。接着他又到南京主讲江宁“尊经书院”、“惜阴书院”，在这两个书院，他又收了许多学生，不论贫富，不论贵贱，不论老少，只要愿意来学的，他都收下，甚至有个盗贼也来求学，他也收下了。有人指责他“不分尊卑，滥收弟子，竟然收盗贼为徒，书院成猪圈喽!”薛时雨却不以为然，他说：“我培养人才并非是使用人才，培才宜宽，用才宜严。”他还主张经世致用，反对读死书。南京人因其培育出大批人才，在教育上作出杰出贡献，在南京钟山山麓建造“薛庐”以纪念他。