李商隐在闲居的几年里处理了一些家庭的事务，其中最主要的一项工作，就是将一些亲属的墓葬迁回了故乡的家族墓园。这种维护家族荣誉的努力多少使他获得心理上的满足。从现存的部分诗文中可以看出，李商隐尽量调整自己的心态，淡化对政治生涯的兴趣和期待。他有时从事农耕，声称自己“渴然有农夫望岁之志”，模仿陶渊明的风格写作田园诗歌。不过，纷乱的时局始终吸引着李商隐的注意力。他有非常鲜明的政治倾向，几乎无法隐藏。
幕府游历
会昌五年(845年)十月，李商隐结束了守孝，重新回到秘书省。此时，武宗与宰相李德裕富有效率的合作关系已经到了晚期。次年三月，武宗去世，传言他是由于长期服用道士进献的长生药而中毒身亡。经过一系列的宫廷斗争，宣宗李忱即位，并反对武宗的大部分政策，尤其厌恶李德裕。因此，几乎整个会昌六年(846年)，都持续新一轮政治清洗，曾经权倾一时的宰相李德裕及其支持者迅速被排挤出权力中心。在宣宗本人的支持下，以白敏中为首的牛党新势力逐渐占据了政府中的重要位置。
会昌六年(846年)，李商隐在秘书省任正字。三十五岁的李商隐终于有了儿子(李衮师)，他的堂弟李羲叟也在这一年中了进士，这两个好消息大概只能让他兴奋一时。由于支持李德裕的政治纲领以及之前就被令狐绹等人视为背叛，他不大可能分享牛党的胜利。此时李商隐的职位几乎低得不值得在权力斗争中被排挤，但仍然李商隐仍为仕途不得志而郁郁寡欢。
大中元年(847年)，桂管观察使郑亚邀请他往赴桂林任职时，李商隐几乎没有犹豫便与之同行。 从太和三年(829年)受聘于当时的天平军节度使令狐楚开始，李商隐多次进入地方官员的运作机构中担任幕僚的角色。事实上，他身为幕僚的经历比正式任职于朝廷的时间更长。不过，在宣宗大中元年(847年)之前，他似乎一直将这样的经历作为过渡。对于在政治上颇有抱负的李商隐来说，这种经验非常重要，既是他历练工作能力的过程，也是积累社会关系的途径。不过，毕竟只是为日后的大展宏图而进行的准备活动。从时间上看，以往每一次的工作经验几乎都在数月之内，变动频繁，而且一旦有了入朝为官的机会，就会立即辞去幕府的工作。而这一次，李商隐作为郑亚的幕僚前往桂林时，他也许还没有意识到自己的仕途已近末路。在之后的10年间，他将在幕府游历中逐渐耗尽所有的政治热情。