应举的失败不会让李商隐反省自己学识不足。早在太和四年，曾经与他一起游学的令狐绹就考中进士。这显然不是因为令狐绹的学识才华比李商隐优秀，而是由于他父亲令狐楚的影响力。权贵们互相提携，大量录取上流社会关系网中的考生，在唐代科举中是很普遍的现象。许多缺乏靠山的考生都会在考试之前就去刻意结交关系，或者想出种种办法引起考官及名流的注意。据李商隐自述，他在这方面是比较低调的(《与陶进士书》)，但如果说他不曾对令狐楚寄予希望，可能性也不大。从李商隐在开成元年写给令狐绹的一封信中“尔来足下仕益达，仆固不动”之类的话，可以看出他的情绪已经相当烦躁了。而他于开成二年的中举，也正是令狐父子对当值考官施加影响的结果。
闲居时期
辞去了弘农县尉，武宗会昌二年(842年)，李商隐以书判拔萃复入秘书省为正字，旋丁母忧居家。李商隐必须离职回家守孝三年。这意味着年届而立的李商隐不得不放弃跻身权力阶层的最好的机会。这次变故对李商隐政治生涯的打击是致命的。李商隐闲居在家的三年(会昌二年末至会昌四年末)，是李德裕执政最辉煌的时期。错过了这个时期，随着不久之后武宗的去世，李德裕政治集团骤然失势，李商隐已经难以找到政治上的知音。
会昌三年(843年)，李商隐的岳父王茂元在代表政府讨伐刘稹叛乱时病故武宗朝。王茂元生前没有利用自己的影响力帮助李商隐的升迁，但他的去世无疑使李商隐的处境更加困难。
会昌四年(844年)暮春，自关中移家永乐。五年冬(845年)，服阕入京，仍为秘省正字。这一次，他的职位(“正字”)品阶比之前的(“校书郎”)还低。即便如此，李商隐毕竟又有了一个新的发展起点。在唐代，大家普遍认为在京城里的任职会比外派的官员有更多的机会升迁，而李商隐所在的秘书省，又比较容易受到高层的关注。对李商隐而言，另一个好消息是，宰相李德裕获得了武宗充分的信任，这位精干的政治家几乎被授予全权处理朝政。李商隐积极支持李德裕的政治主张，他踌躇满志，有理由期待受到重用的机会。