题解：
有人认为“圣女祠”指的是陈仓(今陕西宝鸡市东)、大散关之间的圣女神祠，也有人以为未必实指，仅仅是代称女道士居住的道观。李商隐此前曾经做过《圣女祠》五排、七律各一首，这一首是大中十年(856 年)，李商隐随柳仲郢归朝，第二次经过圣女祠而写的诗歌，所以题为《重过圣女祠》。
这首诗历来争议很大，是李商隐诗歌中最难解的诗篇之一。有人认为此诗是借圣女来寄寓自己的身世沉沦之慨;有人觉得这是李商隐在借题发挥，抒发自己仕途不通的愤懑;有人说这是一首寄意于令狐绹的咏怀诗;有人认为此诗意在把孤寂高洁的女冠比作圣女;有人认为这是在追忆自己当年与女冠的恋情。总之，说法不一，无法定论。
结合李商隐的《圣女祠》、《碧城三首》、《河阳诗》等诗歌，不少人指出这是一首追述爱情的恋情诗。据有关人士考证，李商隐年轻的时候曾在玉阳山学道，结识了陪同公主一起入观修道的宫女宋华阳，并与她产生了深切的恋情。最后由于种种原因，他们的爱情夭折在她的不知所踪里。这段爱情对于李商隐来说是刻骨铭心的，他写下了大量的诗歌来追忆，成为其爱情诗中极为重要的一部分。与后来写给妻子王氏的那些精致密丽的爱情诗不同，这类诗大都幽微隐约、曼妙飘忽，充满了凄苦惆怅的感伤情调。这首诗表面上歌咏圣女祠所供的圣女，实际上是把宋华阳比作高洁的圣女，由此寄寓爱情的感伤。
句解：
白石岩扉碧藓滋，上清沦谪得归迟
圣女从上清宫受贬沦落人间，迟迟不得返归天上，如今她那下界居处的白石岩洞门边，已经长满绿色的苔藓。“滋”，滋生，暗示此处久无人迹，门庭冷落，已远不似当年。
道家认为天外有玉清、太清、上清三重天，是神仙居住的地方。“上清”就是神仙所居的最高天界。中国古代有不少关于天上神女谪贬人间的传说，诗人认为这位女子不是凡人，她一定是从上清仙境贬谪到凡尘的仙女。其居处清幽无比，远不似喧嚣的凡尘。你看，白石与碧藓相衬，是那样的明丽雅洁。在诗人的心目中，昔日的恋人宋华阳就如同圣女一般高洁清丽，不同凡俗，因为“上清沦谪”，所以才得以和自己相遇、相恋。虽说是“得归迟”，最终她还是回到自己的世界去了。一个“滋”，滋生，暗示此处久无人迹，门庭冷落，已远不似当年。诗人有意采用“上清”这个道家典故，正暗中透露出对方为女冠的真实身份。