1190年朱熹知福建漳州，时值土地兼并盛行，官僚地主倚势吞并农民耕地，而税额没有随地划归地主，至使“田税不均”，失地农民受到更为沉重的剥削，阶级矛盾激化。为此，朱熹提出“经界”，即核实田亩，随地纳税。这一建议势必减轻农民负担，损害大地主的利益，所以遭到后者的强烈反对。“经界”终于未能推行，朱熹愤怒不已，辞职离去，以示抗议。
1181年8月浙东饥荒，朱熹由宰相王淮推荐任提举两浙东路常平茶盐公事。途经杭州，入对七札，陈述时弊。到职后，微服下访，调查时弊和贪官污吏的劣迹，弹劾了一批贪官以及大户豪右。他不徇私情，牵连攻击了王淮等人。于是，王淮指使人上书抨击理学，斥其为“伪学”，朱熹被解职还乡。
1187的朱熹出任江南西路提点刑狱公事，管理赣州(赣县)江州(九江)一带地方的司法、刑狱、监察、农事等方面事务。不久王淮罢去，理学一时得势，朱熹更是仕途顺利。几年后受当时南宋宰相赵汝愚推荐，当上焕章阁待制兼侍讲，即皇帝的顾问和教师。刚即位不久的南宋宁宗全面肯定了理学，称朱为“儒宗”，这反映了偏安江南的南宋企图以理学加强内部团结的希望。朱熹为宁宗进讲《大学》，每逢双日早晚进讲，但他借此机会对朝政多有批评，终于使宁宗不满，加以干预朝政的罪名，被逐出朝廷。
庆元元年(1195年)朱熹在朝廷的支持者赵汝愚受韩侂胄排挤被罢相位，韩势盛极一时。韩因朱熹曾参与赵汝愚攻击自己的活动，于是发动了一场抨击“理学”的运动。庆元二年叶翥上书，要求把道学家的书“除毁”，科举取士，凡涉程朱义理不取。监察御史沈继祖乘机指控朱熹十罪，请斩。朱熹的得意门生蔡元定被逮捕，解送道州。一时理学威风扫地，被斥为“伪学”，朱熹被斥为“伪师”，学生被斥为“伪徒”。宁宗一改旧态，下诏命凡荐举为官，一律不取“伪学”之士。 庆元六年(1200年)三月初九，朱熹终于在建阳家里忧愤而死，享年七十一岁。临死还在修改《大学诚意章》，可见他是如何矢志于树立自己的理学，然而生前终未如愿。朱熹的一生志在树立理学，使之成为统治思想。但因理学初出，影响不深。同时，朱熹在官场上因品性耿直而得罪权臣，致使朱熹晚年落得一个悲剧的结局。