二是《全唐诗》收录而《乐府诗集》未收。《乐府诗集》卷90至卷100“新乐府辞”部分，《全唐诗》均未收录，其原因在《全唐诗·凡例》已经进行了说明。除此之外，也还有少量作品《乐府诗集》未收，而《全唐诗》补录。如《乐府诗集》卷82“近代曲辞”止于李贺《十二月乐辞》，而《全唐诗》卷28“杂曲歌辞”在李诗后收录了《桃花行》5首（李峤、李乂、徐彦伯、苏颋、赵彦昭），张说《苏摩遮》5首、《舞马词》6首、《舞马千秋万岁乐府词》3首，白居易《小曲新词》2首、《闺怨词》3首和卢纶《皇帝感词》4首。此28首诗中，《乐府诗集》仅录3首，且不在“近代曲辞”中。《乐府诗集》卷90“新乐府辞”收白居易《小曲新辞二首》。卢纶《皇帝感词》之三，在《乐府诗集》卷11“唐仪坤庙乐章”中作“安和”，署名刘子玄；而这首诗在《全唐诗》中重出4次，卷14同《乐府诗集》卷11，卷94题同《乐府诗集》未署名，卷277卢纶集同卷28有异文。这些诗在《全唐诗》卷28中均以“集作”出校异文，又都在诗人本集再次录入，不知《全唐诗》“杂曲歌辞”据何而录？难道《乐府诗集》卷82有诗歌散佚？具体情况不得而知，不便妄测。
第三，诗人的署名不同。主要有三种情况：
一是《乐府诗集》署名而《全唐诗》未署名。《乐府诗集》卷82《金缕衣》署名李锜，《全唐诗》卷28未署名；《乐府诗集》卷86《敕勒歌》署名温庭筠，《全唐诗》卷29未署名。这是扬州诗局馆臣意识到《乐府诗集》的不妥之处，故而将其所署姓名除去，有这种意识是可取的，可惜未能作出取舍或加以校注。
二是《全唐诗》署名而《乐府诗集》未署名。《全唐诗》卷26《沐浴子》：“澡身经兰汜，濯发傃芳洲。折荣聊踟蹰，攀桂且淹留。”署名李白，《乐府诗集》卷74未署名。《诗纪》卷130列入“乐府失载名氏”，将此诗归于李白名下。如果此诗作者存疑，导致将其系于李白名下的原因，极可能是与《乐府诗集》的诗歌编排有关。因为此诗的前后两首诗均为李白所作，前一首是《结袜子》，后一首是同题《沐浴子》“沐芳末弹冠”，此诗仅四句夹在中间，未署名，极易导致人们误以为此诗亦为李白所作。上文已经谈到，这种因《乐府诗集》编排方式，而导致《全唐诗》误署名的情况较多。如《全唐诗》卷26《上皇三台》署名韦应物，《乐府诗集》卷75未署名。《上皇三台》，在《乐府诗集》中排在韦应物《三台二首》的后面。