同僚们都说他怀才不遇，但曾巩并没有把情绪带到工作中去，在福州任职的13个月中，依然兢兢业业，做出一定的政绩：稳定社会秩序;还利于民;直选寺庙方丈;减轻百姓负担。
曾巩来福州前，福建治安很乱，各地土匪抢劫掠夺，官兵虽极力围剿，且熙宁八年(1075年)上山造反的将乐县土豪廖恩，虽已招安受降做官，但其残余势力还潜伏于闽北山林，有复起之势。曾巩一到任，认为这次叛乱的主因是由于旱灾饥荒，要剿灭已被围困的饥民很容易，但考虑到迫之过甚会逼出大乱子，所以他极力主张用和平方式解决。于是派人到将乐县等地劝告、招安，解除其疑惧心理。因此，廖恩余党相继出山投降，避免了一场残杀悲剧。与此同时，他抓获海盗8人、盗窃惯犯几十人，社会秩序顿时安定下来了。
在宋代，州府级别的官吏除了享受工资外，还补给一定数量的“职田”(根据职务级别分给固定田产，以充办公费)。在福州，州府官吏没有“职田”，却另有一大笔收入。原来，州府衙门后院有一块很大的菜园，每年都种植各式蔬菜，成熟后，便由衙役挑到市面上卖，卖得的钱全部归州官所有。由于府内蔬菜上市早、质量好，人们争相购买，不费什么功夫，便可捞到一大笔钱。这样，有时一个州官一年的菜钱收入可达三四十万(约今40万元)之多。
曾巩到福州后作了调查。他了解到：州府卖菜，夺走了菜农的饭碗，导致他们生意难做，收入减少，生活困难。曾巩愤慨地说：“地方首长怎能与民争利呢?”他宣布取消这项收入，州府不再靠种菜创收。消息传出，百姓很高兴，菜农更是欢欣鼓舞。从此，凡是来福州做官的，也都效仿曾巩的做法，不再从百姓身上榨取菜钱中饱私囊了。
福州从五代十国时期王审知政权崇奉佛教以来，兴建了大量的佛寺禅院，到北宋时，已成东南佛教重地：“湖田播种重收谷，山路逢人半是僧。城里三山千簇寺，夜间七塔万枝灯。”信徒捐献了许多田产给寺庙。因为寺庙土地税比一般农户轻，刁滑之徒为了偷税漏税，就与寺院相勾结，结果寺庙田产日多，民间田产日少，土地税都转嫁到农民身上。寺院富得流油，一时之间，投身寺庙当和尚，成了人人向往的热门职业，一些好逸恶劳的地痞流氓、破落户到处钻营，为捞一个当和尚的指标而费尽心机。这威胁到福州府的稳定，更恶劣的是，当寺庙方丈有利可图，许多和尚争相买方丈做。因为当时任寺庙方丈需要知州同意，由地方长官任命，于是和尚们纷纷走后门，巴结官府，有些官员也趁机敲竹杠大发横财，一时间贿赂歪风盛行于福州府。