为了取缔这种丑恶行为，曾巩有超前意识，他在寺院举行直选。让和尚们不记名投票推举方丈，并将推选出来的公正贤明的和尚记录造册上报政府，然后按照顺序，依次递补。他当众拒绝私谢，以杜绝左右纳贿。清廉的曾巩采取这种措施，杜绝了钻营门路，废除了两所与豪门狼狈为奸、为非作歹的寺庙，逮捕了一些企图逃脱法律制裁的奸徒与不法僧侣，整治了福州佛教界的歪风邪气。
曾巩常说：“地方官怕公文多，百姓怕追讨赋税。”他一到福州便和属县商议应办的事情，分别轻重缓急，预计完成期限：期限未到的不再催促;限期一到，不作为的行政问责罪;如讨约的期限和要办的时间不相当，则与该县另定期限;而先已立有期限的，即使有所追问，知州也不派人到县，县上也不再派人下乡。他试图利用这种办法来尽力减少官府对百姓的骚扰。起初属县不怎么执行，曾巩小则惩罚典史(相当于现公安局兼司法局局长)，大则弹劾知县，于是各县不敢轻慢，有事则都事先召集官吏预告。由于公文减少了许多，百姓也就过上了比较宁静的日子。
宋神宗元丰元年(1078年)9月，曾巩被调离福州，他前后在福州任职13个月，期间撰写的文章有16篇，诗有35首。取材福州的《道山亭记》是其离开福州后的作品，是一篇传诵相当普遍的名作，福州道山亭也借此文名传千古。《荔枝录》搜集了福建荔枝30多种，可补蔡襄《荔枝谱》所缺漏。
曾巩在福州期间，因为廉洁公正、奉公守法、从政有方，所以福州府被他治理得井井有条。他说：“福州山海静谧，千里宴然。里闾相安，粟米丰羡。”当时京城也盛传其政声。他写诗道：“自知孤宦无材术，谁道京师有政声。默坐海边何计是?白头亲在凤凰城。”“终年闻说凤池山，蜡屐方偷半日闲。笑语客随朱阁上，醉醒身在白云间。溪桥野水清犹急，海岸轻寒去却还。为郡天涯亦潇洒，莫嗟流落鬓毛斑。”可见曾巩在福州的13个月，心情是相当愉快的。 离开福州后，曾巩先改任明州(今浙江宁波)知州，再改任亳州(今安徽亳州)知州。元丰三年(1080年)，曾巩改任沧州(今河北沧州)知州，途经京城开封时，获宋神宗召见。宋神宗对其“节约为理财之要”的建议大为赞赏，留任为三班院勾判。元丰四年(1081年)，朝廷认为“曾巩史学见称士类，宜典五朝史事”，任为史官修撰，管勾编修院，判太常寺兼礼仪事。元丰五年(1082年)，拜中书舍人。同年九月，遭母丧，去官。次年，病逝于江宁府(今江苏南京)。后葬于南丰源头崇觉寺右。南宋理宗时追谥其为“文定”，人称“南丰先生”。
曾巩与他所处的那个时代的许多更有名的士大夫不同。在实际工作中，曾巩少于议论，多于实干，说得少，做得多。他以儒家的忠君爱民思想为出发点，简单、纯粹、执著。他一生辗转七八个州，大多数时间都在基层任职，及时处理了很多涉及百姓切身利益的问题，为百姓真正做了一些实事、好事。当他任满离开时，竟有百姓紧闭城门，极力挽留，不愿意他离开。