“七七事项”后不久，日军攻克北平。北京大年夜学、清华大年夜学南迁，大年夜批师生南下。当时陈垣老师没有南下，而是留在了北平。1945年9月3日，日本向中国降服佩服的第二天，辅仁大年夜学举行开学仪式。陈垣老师说：“辅仁大年夜学已有8年没有举行开学仪式，由于国旗拿不出来，国歌不能唱，以致措辞也要受到限定。日本攻克徐州时，逼迫各个黉舍都要庆祝，挂出伪满的旗，以是干脆就不举行开学仪式和不举行升旗。”当初为什么他不脱离北平呢？
一个缘故原由是辅仁大年夜学是德国教会办的，并没有南迁的盘算，陈垣老师假如南下，只能丢下辅仁大年夜学的师生，单身脱离北平。他是一位学者，脱离了他的大年夜批图书就无法进行事情。离不开辅仁大年夜学，离不开他北平的册本，这应该是一个缘故原由。
虽然自己没有脱离北平，但他对想要脱离北平的人，他的同伙、晚辈等，是很支持的。
陈垣老师留在北平，另一个紧张缘故原由是他感觉自己有责任留在北平。留在北平做什么？他为什么坚信自己要留在北平，而且要做很多工作，这要有坚决的信念。什么信念？
陈垣老师坚信日本的侵占肯定是要掉败的。他在抗战时期写了好几本书。这几本书既是学术著作，更紧张的是战争的著作。有一本书叫《南宋初河北新玄门考》，他说：“自永嘉（西晋的一个年号）以来，河北已经被外族侵陵好久了，但为什么着末中国会规复呢？中国的人口还越来越多呢？便是千百年来先夷易近困难培养而成的这么一种夷易近心。”当时他只能用中国历史上的夷易近族斗争来比喻抗日战斗，由于夷易近族斗争也是有长短之分的，也是有正义与非正义之分的，是可以从中汲取履历教训的。这是第一点，他坚信侵占者是不能长久的。