2、 违背当事人的意思表示的仲裁协议
有效的仲裁协议是基于双方真实的意思表示而签定的，真实的意思表示是指行为人的行为应反应其内心的真实效果意思，仲裁协议的订立，是建立在双方自愿、协商、平等的基础上，不允许任何一方把自己的意志强加于另一方。我国《仲裁法》第17条第三款规定：一方采取胁迫手段，迫使对方订立仲裁协议的，仲裁协议无效。但在我国《合同法》第54条规定，一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。也就是说，违背当事人真实意愿的仲裁协议属于可变更可撤消的合同，而不应以无效合同一概论之。应在充分尊重当事人意思自治的前提下决定合同的效力问题。
同时，对于欺诈、乘人之危而订立的仲裁协议在实践中也往往被法院认定为无效仲裁协议，实际上是扩大了无效仲裁协议的范围，有违仲裁的意思自治原则，不利于尊重当事人的利益、意志，以及鼓励交易。若当事人不提出撤消的要求，法院也不应越俎代庖。在实践中，如因仲裁相关事项发生争议，欺诈一方申请仲裁，而受欺诈一方自愿加入仲裁，也应当允许，认定仲裁协议有效，并予以执行。
3、 超越仲裁协议范围事项的仲裁协议效力
对于超越仲裁协议范围的事项，，如果一方当事人把不属于仲裁协议中指定的事项提交
仲裁，另一方当事人有权对仲裁庭的管辖权提出异议;即使在仲裁庭审理终结并作出裁决以后另一方当事人仍然有可能有权拒绝履行该裁决所规定的义务，并可向管辖法院申请撤消仲裁裁决，法院亦可拒绝执行该裁决。
我国《仲裁法》第三条对婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷以及依法应当由行政机关处理的行政争议的事项不得仲裁。然而在实践中经常出现的情况是，当事人双方仅规定发生争议即提交仲裁解决，却未规定争议事项的内容，由于没有规定具体争议事项，往往导致仲裁协议的无效，使得双方当事人不能通过仲裁迅速解决，而须重新达成协议。比如当事人在协议中约定：由履行该合同所产生的一切争议均提交仲裁，这样就排除了合同的效力及合同的解释问题。当事人在买卖合同中约定：由货款的支付所发生的纠纷提交仲裁，这样就导致对货物的质量是否合格的问题不得仲裁，但是实际上这些都与货款的支付有一定的关系。如果不允许联系合同上下文及具体情况作出解释，给予仲裁机构以一定的自由裁量权，都是不利于纠纷的解决的。
4、 未指定明确的仲裁委员会的仲裁协议效力
在实践中常常出现不规范的仲裁协议，未明确指定仲裁机构的情况大致有下列几种：第 一，约定了仲裁地点，没有约定仲裁机构的，或者虽然有约定，约定的仲裁机构不正确，用语不规范，约定的仲裁机构不存在。第二、同时约定两个或两个以上的仲裁机构。第三，既约定仲裁，又约定诉讼的。凡此种种，不一而足。
对于这些仲裁协议的效力认定，有的可以根据《仲裁法》第18条“仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确的，当时人可以补充协议;达不成补充协议的，仲裁协议无效。”当事人可以自行补充，完善，使之成为有效协议。有的可以通过人民法院及仲裁机构进行推定，同样承认其效力。
第一种情况，常常采用推定的方法，若指定地点只有一个仲裁委员会，推定约定的仲裁机构就是该委员会，否则无法推定的，即为无效的仲裁协议。
第二种情况根据最高院1996年12月12日致山东省高级人民法院的函中可以认定同时选择两个仲裁机构也是有效的，只要当事人明确选定一个仲裁机构即可执行。
第三种情况，约定了仲裁，同时约定“对仲裁不服，向人民法院起诉”的仲裁协议，应当属于有效仲裁协议。因为这类仲裁条款，实际是约定仲裁优先，应该选择仲裁解决。但是，对争议约定仲裁，同时又约定可以起诉的仲裁协议效力如何认定呢?有观点认为，仲裁协议无效。因为此类仲裁条款相互矛盾，当事人仲裁的意思表示和诉讼的意思表示并存，因而不能确定仲裁意思表示有效，诉讼意思表示无效。反对意见认为，对此类仲裁协议不宜一律宣布仲裁协议无效，应结合考虑当事人的行为表现，作出认定。第一，如果一方当事人申请仲裁，另一方当事人在仲裁庭首次开庭前，未对仲裁机构受理该案提出异议，则仲裁庭就取得本案的管辖权。视为另一方放弃了协议书中的诉讼选择。仲裁庭裁决作出后，当事人就仲裁协议效力向人民法院提出异议，人民法院不予受理;如当事人以仲裁协议无效为由，要求人民法院撤销仲裁裁决，人民法院也不应作出撤销裁定。第二，如果一方当事人申请仲裁，另一方当事人在仲裁庭首次开庭前，向人民法院提出异议，人民法院可以要求当事人达成仲裁补充协议，达不成补充协议，则人民法院可以受理。
(二)对于在仲裁法实施之前的仲裁协议的效力
根据《最高人民法院关于实施〈中华人民共和国仲裁法〉几个问题的通知》，仲裁法实施前当事人订立的仲裁协议仍然有效，有关当事人向人民法院起诉的，法院不予受理，但当事人双方放弃书面仲裁协议的，人民法院应当受理。最高人民法院在《最高人民法院关于确认仲裁协议效力几个问题的批复》中进一步明确规定：“在《中华人民共和国仲裁法》实施后重新组建仲裁机构前，当事人达成的仲裁协议只约定了仲裁地点，未约定仲裁机构，双方当事人在补充协议中选定了在该地点依法重新组建的仲裁机构的，仲裁协议有效：双方当事人达不成补充协议的，仲裁协议无效。”
(三)仲裁条款的独立性对仲裁协议的影响
仲裁条款的独立性是指仲裁条款作为主合同的附属条款，可以与主合同的其他条款分离而独立存在，不因主合同的无效而无效，不因主合同被撤消而失效，又被称为“仲裁条款的自治”。
1、合同的变更对仲裁协议效力的影响
合同的变更包括合同的主体的变更与合同内容的变更，狭义上的合同变更仅指合同的内容变更，但是由于合同的受让导致合同主体发生变更对仲裁协议的效力也将产生影响，受让方成了合同权利义务的新的承担者，那么对原合同中的仲裁条款是否应当一并接受?原仲裁协议是否对其有效?答案是肯定的，新的合同主体作为原合同的权利义务继受者应当也必须受仲裁条款的约束。同样，对于越权代理中被代理人也必须对代理人与第三人签订的仲裁协议效力予以承认，这也是因为被代理人必须受代理人代理事项对其的约束力，不得对抗代理关系以外的第三人。