至于合同的内容的变更则要区分是对合同的其他条款作出修改还是对仲裁条款作出的修改，如果是对合同其他部分作出修改，依据仲裁协议的独立性，仲裁协议将继续有效。对于争议解决方式的修改则可视为是对仲裁协议的修改，以修改后的条款为准。有时候，原合同与补充协议同时存在，而对于一部分的争议事项适用原合同的解决纠纷方式，而另一部分则适用补充协议的纠纷解决方式，这样一来就出现了矛盾，我认为在这样的情况下，若将事项分割开来分别适用原合同和补充协议解决问题太过于烦琐，给当事人带来诸多不便，应以补充协议中所制订的纠纷解决方式统一解决，将更符合仲裁与诉讼的经济原则。
2、合同的无效与被撤消
合同若被认定为无效，有的观点，比如英国的传统判例中就认为，主合同无效，合同就应是从来不存在的，作为合同的一部分的仲裁条款自然也无效。然而依据仲裁协议的独立性，主合同规定的是当事人间的权利义务关系，仲裁协议只是双方约定将纠纷事项提交仲裁的意思表示，与主合同的权利义务之间的关系并不密切。即使主合同由于主体、意思表示的内容不合法而无效，但是只要符合仲裁协议的生效要件——即上文所述的意思表示，仲裁事项及明确的仲裁机构，仲裁条款就是有效的。
对于合同被撤消的情况，大体如无效合同，应遵循仲裁协议的独立性，不因主合同被撤消而无效，但是也要尊重当事人的意思自治，若当事人由于被胁迫，欺诈而订立了主合同，并且不愿意通过仲裁方式解决纠纷的，应该举证证明，并支持其撤消仲裁协议的主张。
3、仲裁裁决被法院撤消后仲裁协议的效力
关于这个问题有两种观点：第一，严格仲裁制，即不论仲裁裁决的撤销基于什么样的理由，只要仲裁裁决被撤销，当事人之间的争议就要重新确定解决方式。如果通过仲裁方式解决，就必须重新达成新的仲裁协议，否则即可向法院提起诉讼。第二，积极仲裁制，即仲裁裁决的撤销不影响当事人对仲裁的选择，当事人之间的纠纷必须通过已选择的仲裁程序加以解决。
我国仲裁法中对仲裁裁决被法院撤消后的仲裁协议的效力采严格仲裁制。对其效力是不予认可的，第九条第2款中：“裁决被人民法院撤消或不予执行的，当事人就该纠纷可以根据双方当事人重新达成的仲裁协议申请仲裁，也可以向人民法院起诉。”但是这样的后果是，当事人双方重新达成仲裁协议的可能性是非常小的，几乎没有，实际上当事人只能选择诉讼这一条途径。但是由于仲裁协议本身的独立性，以及其实体与程序的双重属性，法院对仲裁裁决的撤消和不予执行是对仲裁裁决本身的否定，并没有否定仲裁协议的有效性，也就是说法院并没有否认双方当事人所达成的将争议事项提交仲裁的意思表示的有效性。除非仲裁协议本身因欠缺生效要件而导致仲裁协议无效，否则仲裁协议的效力仍是不可变更的，这也是符合积极仲裁作为当今商事仲裁的趋势的。 仲裁协议范文
甲方:XX省XX市贸易公司
地址:XX省XX市XX路XX号
法定代表人:王XX 职务:经理
乙方:XX省XX县XX路XX号
法定代表人:于XX 职务 :经理
当事人双方自愿提请XX市仲裁委员会按照《中华人民共和国仲裁法》规定,仲裁如下争议:
双方于1xxx年3月签定购销鲜蘑合同。在合同履行中,因买方对卖方提供的鲜蘑质量等级提出异议,导致双方发生争议,经协商不成。双方一致同意选择XX市仲裁委员会依据《中华人民共和国仲裁法》及该会仲裁规则对双方合同中涉及蘑菇的质量等级和双方如何继续履行合同作出裁断。
甲方:XX贸易公司(盖章) 乙方:XX县XX公司(盖章)
法定代表人:王XX 法定代表人:于XX
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