一、实例分析各方案的税负和毛利
例如：甲公司是国际货代公司（二代），无船承运人，增值税一般纳税人，税率6%。2014年9月甲公司发生国际代理服务费106万元（价税合计），支付国外代理ABC公司86万元（国外账单），支付商检费5万元（出入境检验检疫收费收据），报关费2万元（0税率增值税普通发票），支付给运输车队送货费3万元（11%增值税专用发票），发生国内运输53万元（价税合计），应付船公司25万元（6%增值税专用发票），支付车队A运输费12.5万元（11%增值税专用发票），车队B运输费5万元（3%增值税专用发票）。增值税=销项税额-进项税额，城建税=增值税*7%，教育费附加=增值税*3%，分别计算各个方案的税负和毛利。方案一、方案二A、方案二B缴纳的税金分别是6.49万元、0.22万元、2.17万元，销售税负率是4.33%、0.15%、1.45%。申请免税的两个方案（方案二A、B）的税负明显下降，免税且单独核算，税负最轻，方案二A对公司最有利。方案一、方案二A、方案二B税后毛利分别是14.01万元、14.28万元、12.33万元。方案二A的毛利最大，应是最优先选择的方案。与通过税负核算的结果一致。
二、实际操作中应注意的问题和建议
（一）进项税的核算
国际货代公司一般情况下都是国际运输服务为主，国内运输服务为辅。国际运输对应的海运费、空运费以及国外代理提供的境外发票都没有进项税，都不可以抵扣。国内运输服务对应的船公司和车队都是提供增值税专用发票，可以抵扣税额，冲减营业成本。因此从理论上看，国际运输服务申请免税，单独核算国际运输服务的收入、成本、进项税额并转出是对公司最有利的（方案二A）,但是通常情况下分供方提供的发票既包含国际业务也包含国内业务，分别核算工作量大且相当繁琐，容易出差错。如果采用按销售比例核算进项税转出，操作简单，税务也认可，但由于免税业务收入较应税服务收入多，且免税业务对应的分供方大多都拿不到可抵扣的发票，进项税转出就挤占了国内业务本来可以抵扣的数额，造成税负增加，毛利减少（方案二B）。建议大公司调整内部组织结构，组建国际运输服务部和国内运输服务部，分别记账核算收入、成本和进项税。中小公司可以考虑增加操作业务类型模块，对国际运输服务或是国内运输服务进行标注加以区分以达到分别核算的目的，以实现公司利益最大化。
（二）针对国际运输服务分析客户组成
国际货代业的客户可分为直接客户和同行客户，直接客户主要以一般纳税人为主，取得的专用发票可以抵扣。如果放弃免税权，按照目前的行业规则是在报价的基础上加6%的税款开具增值税专用发票，税款由客户负担，客户抵扣进项税后，成本未增加，货代公司取得的运输费等可以抵扣的发票，可以抵减营业成本，毛利增加，对公司有利。但是如果客户为同行，且已申请了免税，不能抵扣进项，税款就需要由货代公司自己承担，收入（不含税）减少，毛利减少，对公司不利。因此客户组成直接客户多的，放弃免税权可实现公司利益最大化。公司应根据自身的实际情况核算税负和毛利，如果放弃免税对公司更有利，就应该选择缴纳增值税。如果申请免税对公司有利，就应该选择免税享受国家给予的税收优惠。公司应当随时监控预测影响毛利和税负的各种因素，选择对公司最有利的方案，实现公司利益最大化。