2015年，国务院办公厅《关于深化高等学校创新创业教育改革的实施意见》提出高校创新创业教育要将“坚持问题导向，补齐培养短板”作为基本原则，强调“把解决高校创新创业教育存在的突出问题作为深化高校创新创业教育改革的着力点”。结合相关研究，当前高校创业教育的主要问题集中在创业教育理念、创业教育模式、创业教育课程、创业教育方法等方面。
一、高校创业教育理念：精英化的期望与功利化的思想
教育理念是关于“教育的应然状态”的判断，是渗透了人们对教育的价值取向或价值倾向的“好教育”观念。高校创业教育理念是高校对创业教育目标、价值的认知，其不仅能够决定高校创业教育开展的方向，也对创业教育的教学形式、师资力量等产生直接影响。一般而言，高校创业教育的理念不是让学生都能够成为企业家，而应该是培养学生的创业精神、社会责任感，提高创新能力与开拓意识，从而在其今后的人生中能够受益。但是，当前不少高校中创业教育受到精英化思维和功利化思想的影响，不利于创业教育的正常开展。
虽然高等教育在我国早已进入大众化时期，但是精英化的期望还是在各个层面上影响着当前的高等教育。比如，高校在师资力量展示上以知名学者、专家为代表，在教育成果介绍上以企业家和政府官员为代表。精英化的期望反映到高校创业教育中就体现为：首先，创业教育的目标指向“高大全”，以“高科技”为创业领域，以“大产值”为创业目标，以“全产业”为创意愿景，过高的教育期待与残酷的创业现实，极容易让学生承受过大的创业压力；其次，创业教育的范围上选择“小众化”，受国家政策和经济环境的影响，当前高校大学生创业热情高涨。有报道显示，选择创业的学生比例有所上升，由2014年的3.2%上升为2015年的6.3%。在“大众创业，万众创新”背景下的高校创业教育肯定不是围绕小范围的创业意愿群体，而应该是着力于提升全体学生的创新精神；最后，创业教育的内容上偏重“理想化”，将社会创业精英群体中的部分成功典型代表，视为创业教育内容选择上的全部，并且偏重于所谓的成功方法与经验介绍，无视具体的环境，更较少涉及到创业教训的总结等内容。
创业精神、创业意识、创业能力的培养，不是一朝一夕能够完成的。国外高校强调创业教育属于终身教育的范畴，其所注重的不是学生毕业时的创业率，也不强调创业的成活率，而是提倡将创业教育作为推进学生社会化、提升学生综合能力的一种渠道或者途径。而当前我国高校的创业教育：首先，在教育的动机上存在着功利化思想，一些高校之所以提倡创业教育是以教育管理部门的相关项目为目标的，项目驱动虽然对提升高校创业教育的效果有着短期的提振作用，但无法从长期上保证高校创业教育的实质效果；其次，存在以创业缓解就业统计压力的做法，一些高校寄希望于通过创业教育提高学生的就业率，从而缺乏对学生创业的实质性指导；最后，狭隘的将创业教育等同于企业家速成的培训教育，先不说企业家是否能够速成，但就是高校中大部分非工商类专业，就注定了这种功利化教育思维的偏颇。
二、高校创业教育模式：课堂式的灌输与体验式的局限
创业教育如何进行，也是当前高校着重探索的一个重要方面。美国创业教育分为普及性创业教育与聚焦式创业教育两种模式。英国创业教育分为外部利益相关者推动型、大学机构中介型等模式。国内创业教育经过多年的发展，一些高校的创业教育模式也已成型。中国人民大学的创业教育强调学生整体能力素质提升，将创业教育与素质教育融合起来；北京航空大学的`创业教育以提高学生创业知识技能为重点，依托实践基地，采用商业化运作方式，锻炼学生创业能力；上海交通大学一方面在专业教育中贯穿创业教育内容，另一方面为创业学生提供创业指导和资金支持，其综合式的创业教育模式，受到了各界的肯定和好评。但是，除此之外，国内大多数高校的创业教育仍然停留在课堂式的灌输上，较少涉及到体验式创业教育，受到众多的局限，很少有高校能够结合自身的特色，形成独特的创业教育模式。
大多数高校在创业教育中将创业教育的知识体系课程化，通过课堂式的教学灌输，寄希望于提升创业教育的效果。这其中主要的矛盾在于创业教育的体系与专业教育的体系之间必定存在着不相融合的问题，因此课堂式的灌输也是高校在响应创业教育的号召下，一种暂时性的不得已而为之的策略。由于创业教育是一种应用性较强的教育，这种课堂灌输式的效果也就可想而知。在具体的教育内容上，一些高校已经开始从一般性创业政策、法规、方法等介绍，过渡到了创业的工商管理类知识体系传授。由于创业是与工商管理专业结合较为紧密的一种活动，这种过渡无疑具有一定的可行性。但是，工商管理类专业知识大多是依托于大型规范的公司管理，而创业多属于小型欠规范的公司活动，因此如何将工商管理类知识与创业教育结合得更为紧密，是一个新的问题。
体验式创业教育是当前不少高校改变创业教育课堂教学理论化有余实践性不足的局限而采取的一种教学模式。该模式寄希望于通过学生在创业教育体验活动中的感受、感悟获得创业技能的提升。体验式创业教育的关键在于有足够的教育场所能够为学生带来创业的体验。不少高校一般通过灵活运用校内、校外资源解决这一问题。在校内，一些高校通过设置所谓的学生创业街区，为学生创业提供场所；在校外，高校则大多联合校友企业、行业单位，为学生创业教育提供体验场所与机会。但是，这种方法都有一定的局限，校内创业教育场所的提供，校方基本上以免费的方式开放相关设施，而学生经营的不稳定性，导致高校在没有相关政策支持下难以长久持续免费提供场所；而校外体验场所中，企业的经营与学生创业教育之间的关联度是否存在，以及学生创业意愿与企业发展方向是否相关，还有学校创业教育的需求与企业接受成本的高低等等，都将会对校外企业接受高校创业教育的意愿与稳定性造成干扰。