转变学习方式，让学生在学习中获得个性解放，是我国当前基础教育课程改革的核心理念之一。该理念试图解决的问题是我国基础教育中学生学习的全面异化。为此，在基于新的学习哲学重建各学科领域的同时，还新设综合实践活动课程。在综合实践活动中，研究性学习第一次成为一种课程。理解研究性学习的课程意蕴，是有效开展综合实践活动并恰当处理它与学科课程之关系的前提。
一、作为一种学习方式的研究性学习与作为一种课程的研究性学习有无区别？
研究性学习首先是一种学习方式。然而在我国的《九年义务教育课程计划（实验稿）》和《普通高中课程方案（实验）》中，它又作为综合实践活动的有机构成而相对独立地存在于整个课程体系之中。我们认为，要理解研究性学习课程与学科课程的关系，进而理解新课程的基本结构，必须承认研究性学习方式与研究性学习课程的区别。
作为一种学习方式，研究性学习是指教师或其他成人不把现成结论告诉学生，而是学生自己在教师指导下自主或合作地发现问题、探究问题、获得结论的过程。与研究性学习相对应的范畴是接受性学习。接受性学习是指不经历研究结论在历史上的发现过程或当前的再发现过程，把结论直接告诉学生并由学生内化或接受的学习。研究性学习可能是有意义的（即与学习者的经验建立起了有机的联系），但也可能是机械的（即未与学习者的经验建立起有机的联系）；接受性学习可能是机械的，但也可能是有意义的。认识到这一点，是20世纪认知心理学的一个重要成就。[1] 由此观之，研究性学习与接受性学习本身并没有好坏、优劣之分，关键要看它服务于什么样的教育价值观。
就人的个性发展而言，研究性学习与接受性学习这两种学习方式都是必要的，在人的具体活动中，二者常常相辅相成、相反相成、结伴而行。之所以在我国新的基础教育课程体系中强调研究性学习，并不是因为接受性学习不好，而是因为我们过去过多倚重了接受性学习、把接受性学习置于中心，而研究性学习则被完全忽略或退居边缘。究其根源是把学生仅作为客体来塑造的教育价值观和知识技能取向的课程目标观所导致的结果。强调研究性学习的重要性是想找回研究性学习在课程中的应有位置，而非贬低接受性学习的价值。这在根本上要求转变教育价值观，把学生真正视为学习的主体，关注知识技能的建构性和情境意义。作为一种学习方式，研究性学习是渗透于学生的所有学科、所有活动之中的。
作为一种课程，研究性学习课程是为研究性学习方式的充分展开所提供的相对独立的、有计划的学习机会，具体地说，是在课程计划中规定一定的课时数，以更有利于学生从事在教师指导下，从学习生活和社会生活中选择和确定研究专题，主动地获取知识、应用知识、解决问题的学习活动。[2] 所以，研究性学习课程是指向于研究性学习方式的定向型课程。
二、既然在新课程中各学科领域均强调学生的探究、发现、研究，为什么还要设置相对独立的研究性学习课程？
强调学习方式的转变是本次课程改革的重点。这里的学习方式不是浅层次的、技术学意义上的学习方法、学习规则等，而是内在于每一个人心灵深处的对待学习行为的独特风格（style），是人的个性在学习行为中的表现。传统课程体系片面强调接受性学习的重要性，这在本质上是强调一种维持性思维方式、奴性化的处世态度和顺从型人格，这与素质教育的要求背道而驰。本次课程改革确立了一种新的学习观：学习方式是人的个性的独特表现，每一个人都有自己独特的学习方式，课程应尊重每一个人的学习方式的独特性。因此，每一门学科都强调为学生的探究、发现、研究创造空间。与此同时，还设置相对独立的研究性学习课程，为每一个人完善学习风格、发展健全人格创造充分条件。
相对独立的研究性学习课程与学科中的研究性学习有下列区别：第一，学科中的研究性学习具有学科性，往往局限于一门学科的视阈；相对独立的研究性学习课程则属于经验课程的范畴，它基于学生的直接经验，面向学生的自身生活和火热的社会生活实践，强调操作与体验，强调综合运用学生的所有知识。第二，学科中的研究性学习是在掌握系统学科知识中进行的，往往具有手段的、辅助的性质；相对独立的研究性学习课程则把研究性学习本身视为直接目的，它强调学生需要的优先性，强调对学生独特经验的尊重，强调学生从自己的立场与世界交互作用从而建构出自己的意义。
所以，研究性学习课程≠做高难度习题≠奥林匹克竞赛辅导课≠一门学科内容的加深。
学科中的研究性学习与相对独立的研究性学习课程也有内在联系：二者都强调研究性学习这种学习方式；二者的终极目的都指向于学生的个性发展，尽管直接目的有别。相对独立的研究性学习课程是学科中的研究性学习的归纳、整合、开拓、提升，学科中的研究性学习则可基于特定学科而细化、深化生活中的主题。
三、研究性学习课程乃至整个综合实践活动课程与学科课程是两张皮吗？
我国正在实验的新课程的基本结构是学科课程与综合实践活动课程（活动课程、经验课程）的有机统一。怎样处理作为综合实践活动课程之有机构成的研究性学习课程与学科课程的关系，是摆在广大教育实践工作者面前的紧要课题。这需要首先在理论上明确研究性学习课程与学科课程的区别与联系。
研究性学习课程与学科课程存在本质区别：学科课程是基于学生的经验与学科逻辑的关系而开发的，它所探究的基本问题是学科问题，或基于特定学科的视野而探究现实问题；研究性学习课程则基于学生的经验与活生生的现实世界（生活世界）的关系而开发，它以获取关于探究学习的直接经验、发展创新精神和解决问题的能力为直接目的，它超越任何学科逻辑的限制，它要求学生整体地运用在学校、家庭和社区中获得的所有知识以解决他自己的问题。
研究性学习课程与各门学科课程也存在内在联系：研究性学习这种学习方式不仅运用于研究性学习课程中，也运用于各学科课程中；研究性学习课程中所获得的直接经验与学科课程中所获得的体现于学科中的间接经验，二者是交互作用、相辅相成、相反相成的；研究性学习课程所探究的现实问题与学科课程中的学科问题也有着千丝万缕的联系。
在实践中，处理研究性学习课程与学科课程的关系可从三方面入手：第一，各学科领域的知识可以在研究性学习课程中延伸、综合、重组与提升；第二，研究性学习课程中所发现的问题、所获得的知识技能可以在各学科领域的教学中拓展和加深；第三，在某些情况下，研究性学习课程也可和某些学科教学打通进行。总之，实践中要杜绝两张皮现象。