借款合同纠纷有一般借款合同纠纷、(金融机构)同业拆借合同纠纷、企业之间借贷纠纷以及民间借贷纠纷几种形式。此外实践中还常见委托贷款、以存单为表现形式的借贷以及封闭贷款合同纠纷。
借款合同是合同的一种，对其效力的审查认定与其他合同基本一致，即遵循合同法的规定：一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益的、恶意串通，损害国家利益、集体或者第三人利益的，以合法形式掩盖非法目的、损害社会公共利益的、违反法律、行政法规的强制性规定的合同为无效。对于一般的借款合同，只要是当事人双方的合意，法院一般会确认其效力。但是对于几种特殊的借款合同的效力，我们必须根据具体情况加以区分。
一、金融机构违反《商业银行法》规定而签订的借款合同。
《商业银行法》是由人大常委会制定的法律规范，由于制定该法的目的之一就是规范商业银行的行为、提高信贷资产质量、加强监督管理，所以有较多的强制性规定，大量使用了"应当"、"必须"、"不得"等用语，但是这些带有强制性用语的规定在合同法中并没有相应的体现，因而一般情况下除了违反中国人民银行有关的利率的规定会导致合同条款无效外，违反《商业银行法》的其他规定并不必然导致合同无效。
二、关于贷款人为非金融机构企业的借款合同。
此类借款最常见的是一般企业之间的借款、名为联营实为借贷的借款以及名为补偿贸易实为借贷的借款。根据《商业银行法》及《非法金融机构和非法金融活动取缔办法》的规定，未经中国人民银行批准，任何单位和个人不得擅自设立金融机构或者从事金融业务活动。所以，非金融机构的企业是不能作为贷款人与他人签订借款合同的。最高人民法院对以上几种性质的借款合同也有批复，均按无效合同处理。