经济体制改革、农村产业结构调整和新农村建设的全面展开，使村民委员会逐渐摆脱了“唯农业”的原始特性。村委会越来越多地涉及招商引资、项目建设等生产经营行为。村域内出现了村委会、村经济合作社、村办企业集团等多种经济形式。如何加强村委会的税收管理，成为目前税务部门亟待解决的一道难题。
村委会税收管理存在诸多难点。
一是职能地位特殊，纳税意识淡薄。村委会实际履行着“一级政府”的职能。这种特殊的地位，导致村委会的主要负责人和财务人员对税收普遍存在认识上的误区。如，他们认为村委会是地方政府的基层组织，不从事生产经营活动，无应税行为发生，因而没有纳税义务。对于出租房屋和土地，他们认为那是“政府行为”，是在为集体谋福利。
二是收入来源复杂，税与非税不清。通过调查发现，村委会的收入来源主要包括出租房屋收入、出租出让土地收入、土地承包收入、房地产开发收入、集资建房收入、企业上缴利润收入、企业承包收入、占地费收入、上级拨款等。由于其收入构成比较复杂，而账簿设置和财务核算不完整、不规范，造成应税收入和非应税收入划分不清，应税收入与实际缴纳税款相差较大。比如在营业税方面，一些村委会将闲置的房产出租给个人或企业，收取固定的租金，却不申报纳税。随着城镇化进程的加快，旧村改造工程日益增多。个别村委会在完成旧村改建后，将剩余小产权房屋对外销售，未对收取的房款足额申报纳税。在个人所得税方面，村委会干部的工资支付存在分次支付或年底一次支付的形式。他们很少按规定代扣个人所得税，个人未足额缴纳个人所得税的情况较多。在印花税方面，村委会签订经济合同不缴纳印花税的问题较为普遍。这些合同、协议主要包括与外单位和企业签订的房屋、土地租赁协议，与房地产开发公司签订的征地补偿协议等。