《藤野先生》回忆鲁迅在仙台留学时期的生活，记叙了鲁迅与藤野先生的相识、相处，离别的过程和对他的怀念。鲁迅初到东京时，看到的是清国留学生在饱含中国人的耻辱的上野公园的樱花树下的身影，听到的是留学生们傍晚学跳舞的喧闹。这让鲁迅甚为厌恶，也正是这样，他去了仙台，在那与藤野先生相识。藤野先生的衣着模糊，他为鲁迅添改讲义，他就正解剖图，他关心解剖实习，他了解中国女人裹脚。在这一个个片断中，我看到了那个对学生要求严格的藤野先生，那个对鲁迅关爱有加，毫无民族偏见的藤野先生，那个对科学严谨求实的藤野先生。这样一位有着高贵人格的老师，也难怪鲁迅说："在我所认为我师的之中，它是最使我感激，给我鼓励的一个。"
《藤野先生》也同样记录了鲁迅的心路历程，学医救国到弃医从文的转变，表达了鲁迅深深的爱国主义情感。在鲁迅留学日本之时，是"风雨如磐暗故园"之时，也是鲁迅个人处于"路漫漫其修远兮，吾将上下而求索"的时期。他曾说："我的梦很美满，预备卒业回来，救治像我父亲似的被误的病人的疾苦"，战争时候便去当军医，一面又促进了国人对于维新的信仰。"但从匿名信事件、看电影事件，中国人的麻木不仁中，鲁迅才深刻地认识到，学医可以拯救人的身体，却不能拯救人的灵魂。鲁迅说："从那一回以后，我便觉得学医并非一件紧要事，凡是愚弱的国民，即使体格如何强健，如何茁壮，也只能做毫无意义的示众的材料和看客。""我们的第一要着，是在改变他们的精神，而善于改变精神的是，我那时以为当然要推文艺，于是提倡文艺运动了。"