曾经有些人认为《药》的故事有着两条并行的线索，瑜儿同夏四奶奶的亲子关系和小栓同老栓、华大妈的亲子关系。只就亲子的关系来说，应该把瑜儿和夏四奶奶的关系认作主要的，小栓和老栓、华大妈的关系认作次要的。其实这小说的情节的内在联系，不见得在亲子的关系上。从故事的发展看来，全篇以夏瑜的革命为中心线索，其他情节是由此生发出来的。“吃烈士”，也象是一条无形的线索：固然小栓吃了血馒头，是鲜血淋淋的。浑身黑色的刽子手康大叔，“一手交钱，一手交货!”以杀头为业，还要把烈士的鲜血来换硬硬的一包洋钱。管牢的红眼睛阿义把烈士的衣服也剥下来去换饭食吃。最可痛恨的是夏三爷，谋害自己的侄子，二十五两雪白银子的赏金落腰包。告发的、审判的，也都从杀害烈士得到了好处。还有什么花白胡子，什么驼背五少爷，有意无意的也无非是帮凶。
徐锡麟烈士和秋瑾烈士等就义于民国成立前四年多。鲁迅先生有感于辛亥革命时期烈士们死得寂寞而写《药》，这里反映出来了个严重的问题，就是资产阶级领导的革命，不知道发动群众、教育群众、组织群众的重要性，少数人难以战胜强敌，结果不免寂寞而死。可是这只是《药》的一个方面，这篇小说有其更重要的光明的一方面。鲁迅先生在《〈呐喊〉自序》上说，“……既然是呐喊，则当然须听将令的了，所以我往往不恤用了曲笔，在《药》的瑜儿的坟上平空添上一个花环”。
《药》的后半篇上，从华大妈的眼睛看瑜儿的坟：“这坟上草根还没有全合，露出一块一块的黄土，煞是难看。再往上仔细看时，却不觉也吃一惊;——分明有一圈红白的花，围着那尖圆的坟顶。”“花也不很多，圆圆的排成一个圈，不很精神，倒也整齐。”瑜儿的母亲自言自语的说，“这没有根，不象自己开的!这地方有谁来呢?孩子不会来玩;——亲戚本家早不来了。——这是怎么一回事呢?”