1.
1999 年 12 月，正当余秋雨历险考察从中东到南亚的古文明而引起全球华人密切关注的时候，北大中文系学生余杰在北京发表《余秋雨你为什么不忏悔》一文，声称据一个“当年同事”的揭发，余秋雨在文革中参加过一个叫“石一歌”的写作组，写过几十篇有严重政治问题的文章，因此是“文革余孽”、“文化流氓”。这篇文章，立即引起全国轰动，多数媒体作了报道。
2000 年 1 月，余秋雨随考察队从尼泊尔回国，途经四川，得知此事，似乎完全没有重视，只是托一个记者交了一封信给正在四川结婚的余杰。后来那个记者公布了那封信，看得出来，余秋雨在信中以很轻松的口气判断余杰是不小心误信了捕风捉影的谣传，并以“过来人”的身份告诉文革后才出生的余杰，自己在文革中遭受大难，只在林彪事件后大学全面复课时参加过教材编写，所谓“石一歌”是“复旦大学、上海师大教材编写组”的一个笔名，自己曾写过《读一篇新发现的鲁迅佚文》和《胡适传》的一个开头，用的全是自己的真名，从未发现有任何与文革有关的“政治问题”。
余杰一定没有估计到余秋雨会亲自给他写一封这么充满善意的信，他接信后又在魏明伦家见了余秋雨，并很快发表对余秋雨的道歉文章，承认自己在谈论文革时也用了文革的思维方式，他还表示钦佩余秋雨的宽容大度。
当时很多人都以为，一场误会已经解除。没有想到的是，大批判的门一旦打开，就关不上了。先是古远清在《文艺报》上揭发余秋雨写过一篇《评斯坦体系》，后来又说这篇文章给周恩来的养女孙维世造成了致命打击。更重要的是，余杰所说的那个自称“当年同事”的孙光萱也亲自在《文学报》和《南方周末》上现身了，他不说余秋雨以前的问题，只说余秋雨现在的“态度”，但给广大读者的感觉是，“证人”出场了。与此同时，肖夏林揭发余秋雨为深圳做顾问、说好话，收受一套豪华别墅;朱大可批判余秋雨的文化考察是“文化口红”;余开伟批判余秋雨把盗版集团说成是“文化杀手”，又揭发余秋雨在中学里就写过批判修正主义的文章 …… 由《南方周末》、《文学自由谈》、《文学报》领头，全国六十多家报刊发表批余文章多达一千余篇。据统计，发表批余文章最多的个人是湖北的古远清。他原是余秋雨的热烈吹捧者，遭余秋雨拒绝后结交孙光萱，成为批余第一人。第二名是湖南的余开伟。
在这种情况下，余杰也一改他的道歉态度，声称要“战斗到底”了。从此他批判余秋雨时不再引用含糊的所谓“当年同事”的揭发，而是只举孙光萱一个人了。
2.
从相关的日程和资料来看，在这整个过程中，余秋雨似乎一直忙着在海内外演讲，以一个亲历考察学者的身份，报告目前全世界最恐怖地域的所在。他还以二战被侵略国的代表，在日本广岛“原子弹祭”上发表演讲。因此，对于记者问起在国内遭受围攻的情况，一直回答“是无聊小事，不必在意”。直到孙光萱的一再出场，他才警觉起来。
余秋雨曾告诉前来采访的传媒评论家徐林正，这个孙光萱是“贺敬之研究者”，早在“两个凡是”时期曾经“清查”过余秋雨议论文革和领袖的问题，直到十一届三中全会否定文革，这个颠倒黑白的“清查”才被迫停止。经过复查，真相大白，余秋雨才被破格提拔为上海戏剧学院院长。后来余秋雨又担任上海市高级职称评审委员会中文学科负责人，曾评审过孙光萱企图以一本研究贺敬之的小册子谋取一所高校图书馆“副研究馆员”的申请，他以孙光萱为例提出了“一切没有大学文凭的人都不能在上海高校申请高级职称”的主张。这使孙光萱产生双重心理怨恨，一直等到一九八九年之后他的研究对象执掌全国意识形态的最高权力，而余秋雨彻底辞职后已并证明没有再走仕途的可能，才大规模地在媒体间“算帐”。余秋雨的这个谈话，曾在《美文》杂志发表。
余秋雨判断，那个写批判文章最多的古远清所散布的一批批“材料”，一定是孙 光萱提供的。余秋雨觉得只有通过诉讼，才能在法院的追查下弄清真相，于是便以诽谤和侵害名誉权的理由把古远清告上了上海市中级人民法院的法庭，并要古远清赔偿 16 万元人民币。古远清被告诽谤的主项即余秋雨是《评斯坦尼体系》一文的主要执笔者，该文给周恩来的养女孙维世造成“致命打击”云云，法院刚开始审理就知道完全是不实之词，因为该文的作者胡锡涛三次声明此文完全由自己所写，与余秋雨一字无涉，而且 他在写作此文时，余秋雨在外地农场劳动;胡锡涛又以时间证明，在他写作此文之前，孙维世早就去世，因此不可能对一个死者造成什么“致命打击”。法院正考虑把余秋雨提出的 16 万元赔偿费降为 10 万，作出判决，但余秋雨发现事实真相已清，孙光萱为古远清提供伪证的证据也已经获得，又考虑到古远清在报上诉说自己清贫，付不出赔偿款，就主动向法院提出，只要被告古远清在法庭上签署道歉文书，可以放弃赔偿款项。 2003 年 3 月 18 日，被告古远清向原告余秋雨道歉的法律文书在上海市中级人民法院签署，道歉文书的法院文号为：(民)初字第 388 号。
被告古远清离开法院后立即在湖南卫视及湖北的报纸上，用胜利者的口气叙述被起诉的过程，后来又写了一本“庭外审判余秋雨“的书出版。余秋雨不再作任何回应，只是不指名地在《借我一生》中写了一句：“应该相信他还有作为一个人的最后羞耻感”。
与此同时，余秋雨还在北京起诉了公布“收受深圳豪华别墅”谣言的肖夏林，也是为了弄清谣言的来源。北京的法院完全出人意料地驳回了余秋雨的起诉，理由是，这个传言虽然不实，却不会损害余秋雨早已建立的形象，而且，赠送和收受豪华别墅，不一定是坏事。这个判决，受到中国法学界泰斗江平教授和其他诸多法学家的质疑。但是余秋雨似乎并不在意，因为通过审理他也清楚了造谣者是深圳的无业游民朱建国。
3.
余杰在这整个过程中，心态发生了多次转折。他一开始 害怕余秋雨起诉他的造谣，因此先在一份小报上发表道歉文章;后来又怕自己点燃的批余风潮被别人抢了头功，便放弃道歉，继续批余，但闭口不说事实，只是上纲上线;再后来他发表在目前中国的传媒环境和法制环境下，诽谤、诬陷不仅很安全，而且还能得到更大的利益，于是胆子更大了。
从 2002 年开始，余杰开始以“批判过重要人物”的履历，向美国政府申请人权的保护。由于美国政府和早就去美国的中国“异见分子”并不知道真相，误以为余杰揭开了一个国家的领导人(余秋里?)的历史面目，而这个国家的领导人又残酷地迫害了余杰，因此，居然被余杰申请成功。他以“反政府的异见分子”的身份成了美国政府和美国特殊机构向我国政府开列的“人权的保护名单”中的一员。
为了符合这个身份，余杰在美国等地对余秋雨的批判用词越来越高，现在直接称余秋雨是“文革打手”、“四人帮打手”，证人只有一人，就是孙光萱。
余杰的聪明在于：如果我国政府查问他受到美国政府保护的原因，他写的文章虽然不少，真正造成社会影响的仍然只是“批判余秋雨”，与国家安全丝毫无关，我国政府也不能对他怎么样。他的主要麻烦，是要让美国方面继续相信他，因此他还要把余秋雨的事情闹得更大一点。
2004 年 7 月，由余杰间接授意，北京几个三流文人策划，《南方周末》和《新京报》的记者张英等人拜访孙光萱，根据孙光萱的思路对余秋雨三十多年前的“历史问题”进行“调查”，并公布孙光萱自称从家里拿出来的所谓“清查材料”。
这一动作，以个人随手出示的“家藏材料”冒称档案公布，构成了对“两个凡是”时期整人运动的肯定，对十一届三中全会的否定，因此引起了上海市各个政府机构的高度重视，开始了历时一年之久的反调查。调查结果证明，作为全部批余事件起点和重点的“石一歌”事件，与事实完全不符。调查报告很长，与这个重点相关的结论是：
1, 余秋雨在 1973 年参与的，是由周恩来总理亲自指示成立的“复旦大学、上海师大复课教材编写组”，他写完鲁迅在广州的一段生平后就离开了;
2, 教材编写组的部分成员，在 1974 年被调到上海巨鹿路作家协会组成以研究鲁迅为任务的“石一歌小组”。查阅这个小组的 229 次会议记录，没有一次有余秋雨的名字，而孙光萱则参加了 210 次;
3, 孙光萱、古远清声称，即使那个由周恩来总理指示成立的“复旦大学、上海师大复课教材编写组”也归属上当时的上海“写作组系统”管辖，并借此无限上纲。据查，当时上海的“写作组系统”是一个与“公检法系统”、“工业组系统”、“财贸组系统”并列的政府管理机构，所有的大学、研究所、编辑部都受它管辖。当时与教材编写组一起受它管辖的，还有周恩来同时指示成立的《英汉大词典》编辑部、《辞海》编辑部、《汉语大词典》编辑部、《中国历史地理图集》编辑部等，都有杰出成果，至今受到海内外学术界的高度评价和广泛使用，不能因为它们存在于七十年代前期的上海，就予以否定。