环境公益诉讼在我国法律上至今缺乏明文规定，这一开放性极强的话题也成为诸多学者争论的对象，尤其是对适格的环境公益诉讼的起诉主体的争辩更是激烈。从理论上讲，任何个人、组织和国家机关都可以依法提起环境公益诉讼，把任何一部分主体排除在外就等于剥夺了其关心环境公益的资格，但基于诉讼经济和诉讼秩序的考虑，有必要对提起环境公益诉讼的原告资格予以限制，由此引发了寻求环境公益诉讼适格原告的争议。
一、检察机关的原告主体资格
1. 赞同观点。几乎所有的支持环境公益诉讼的西方国家均允许检察机关直接以当事人的身份介入环境公益诉讼，因此不少学者认为我国检察机关介入环境公益诉讼的方式应该并只能是以原告的身份直接提起诉讼。理由主要是:
1. 1 检察机关对行政机关的监督应该是全面的、多种多样的。对于我国《行政诉讼法》第10 条规定的“人民检察院有权对行政诉讼实行法律监督”应当做全面的理解，这种法律监督不能仅限于事后监督，也应包括诉前、诉中的监督。对侵犯环境公益无人、无力起诉，公民不敢、不愿起诉的，检察机关以环境公益诉讼原告的身份参与到诉讼中来，可以更好的维护环境公益。
1. 2 检察机关是国家公益的代表人。根据我国《检察院组织法》第四条的规定，“人民检察院通过行使检察权……保护社会主义的全民所有的产和劳动群众集体所有的财产，保护公民私人所有的合法财产，保护公民的人身权利、民主权利和其他权利”。从法律赋予的职责来看，它实际上承担了维护社会公益的责任。同时，检察机关具有代表国家对侵害国家公共管理秩序的行为提起刑事公诉的职能。在刑事案件中，检察机关也可以代表国家利益提起附带民事诉讼，如果将这一职责延伸到环境公益诉讼领域，并不违反法律设置的初衷，且我国《检察官法》第六条规定的检察官的职责: 代表国家进行公诉，这里并没有明确必须是刑事公诉，因此还可以解释为民事公诉和行政公诉。如“江西省新余市渝水区检察院诉李某污染水源”一案，检察官在辩诉中指出，环境污染是社会公害，检察机关作为法律监督者，代表国家利益，运用公力救济的方式提起环境公益诉讼，应视为“有直接利害关系”，检方作为原告符合《民诉法》规定。
1. 3 检察机关较之行政机关，更加具有超脱性。环境公益诉讼针对的重要对象是行政行为，无论由政府，还是政府中的环境保护部门作为起诉主体，都存在既当裁判员又当运动员的可能，而检察机关则更能摆脱部门利益的局限。
2. 质疑观点: 第一是检察机关的地位问题。
2. 1 环境公益诉讼的性质与检察机关的性质和职责不相符合。我国的检察机关作为司法机关，主要负刑事公诉之责; 作为法律监督机关，主要是对其他司法机关适用法律的行为和行政机关的执法行为进行监督，而且往往是一种事后的司法监督。检察机关的确承担了一定的保护国家利益的角色，但是毕竟这种职能是有限的，我国现行法律并没有赋予检察机关对个人、企业提起公益诉讼的权力。
2. 2 据我国宪法和法律的规定，代表环境公共利益的国家机关并非检察机关。《宪法》第11 条规定: “国家保护环境和自然资源，防治污染和其他公害”。《环境保护法》第26 - 28 条明确规定国家环境保护的代表是环境保护行政主管部门，资源管理的代表是法律授权的代表国家行使国家所有权的机关。因而，对于侵害公众或国家环境资源权益的行为，环境保护机关应当以国家环境资源所有权代表人的身份提起公益诉讼，这也是其履行环境保护职责的重要形式之一。
2. 3 如果由检察机关包揽公益损害时的保护之责，不仅有越俎代庖之嫌，而且还会造成权力体系的混乱，一方面可能会公权力在早期阶段过分干涉私法领域，造成环境公益诉讼中控辩双方力量对比的失衡，不符合公平原则; 另一方面也不利于调动公众参与的积极性; 检察机关大量提起环境公益诉讼会分散其本就有限的人力、物力资源，从而影响其他检察职能的履行。
第二个问题是有不少学者论证了检察机关运用检察建议督促相关单位提起环境公益诉讼，将其作为一种有效的介入方式。但是检察建议作为缺乏规范性的手段，本身存在很多问题，也不具有强制的效力。第三个问题是环境纠纷解决的专业性决定了检察机关并非提起环境公益诉讼的最佳主题。环境纠纷中包含了大量的科技因素，需要采用专门的证据收集方法和技术手段，而这正是检察机关较环保部门相比所欠缺的。
3. 学者建议。有学者认为，既不能只构建通过修改诉讼法才能实现的检察机关介入环境公益诉讼的制度，也不应仅仅以现阶段无法律依据为由拒绝检察机关的介入。检察机关应作为环境公益诉讼的原告主体之一，且要对检察机关提起环境公益诉讼进行适当限制，因为独占的.权利便可能会走向极端。检察机关提起环境公益诉讼，并非基于实体权利的享有和实体义务的承担，并不是环境污染与资源破坏的直接受害者，而是由其作为国家和社会公益代表人的特定身份而由法律特别授予的。故检察机关在环境公益诉讼中处于准原告的地位，应当进行适当的限制和调整。
一是范围限制: 应当合理限定检察机关提起环境公益诉讼的范围，使其既保护环境公益，又不超越检察职能。检察机关应主要针对国家利益和社会公共利益受害的环境事件提起诉讼，这类案件目前主要是涉及国有资产流失的环境保护案件和环境犯罪案件。二是处分权限制:检察机关一旦提起环境公益诉讼，不能随意撤诉，也不能与被告自愿和解，在庭审中也不能适用调解原则，对于检察机关提出撤诉与和解的，必须经法院批准。三是检察机关依然要承担一定的败诉责任。在环境公益诉讼中，被告方在胜诉后或其合法权益受到检察机关侵害后，有就其损失申请国家赔偿的权利，检察机关虽不能承担案件本身败诉的法律后果，但如果存在检察机关滥用诉权，恶意诉讼，损害被害人合法权益的情况下，要承担国家赔偿责任。四是方式的多样化。四是参与环境公益诉讼的方式调整: 西方的检察机关被视为国家的“公诉人”，而我国的检察机关在承担公诉职能的同时还是法律监督机关。就介入方式而言，美国主要就是直接起诉，而中国的介入方式可以多种多样，以当事人的身份直接起诉与抗诉、刑事附带民事诉讼、支持起诉等均可作为介入环境诉讼的方式。