(二)运行成本居高不下
1.在运水电站规模偏小，运行成本高
恩施州除水布垭电站外，其余283座均为中小型电站。电站平均装机仅5172千瓦，2.5万千瓦以下电站占总数的92%。电站数量多，单站规模小，运行维护工作量与大中型水电站相比并不随装机规模同步减少，度电成本反而更高。
2.部分电站设备设施陈旧，维护成本高
恩施州有107座电站建于上世纪90年代以前，占电站总数的38%，总装机13.6万千瓦，占总装机的9.4%。这些电站建设时主要用于解决城乡基本用电需求，单站规模小(最大的电站装机14100千瓦，最小的35千瓦，平均装机1271千瓦);点多面广，分布分散，许多电站位于距离城镇一、二百千米的深山峡谷中，交通条件恶劣，运行维护管理难度很大。受当时施工和设备水平的限制，电站设计标准普遍较低，自动化水平不高，需要较多的运行维护人员。这些电站大部分属原电力部门的非独立核算电厂，在几十年的运行过程中(运行年限30年以上的69座、40年以上的11座、50年以上的5座，平均运行年限35年)缺乏后续投入，电费收入和应计提的折旧均已用于日常的人员和维护开支，存在严重的拼设备现象，设备设施健康水平不佳。近几年，随着人工成本的快速上升，水工设施急需维护，机电设备亟待更新改造，电站运行成本迅速上升。
3.实际发电低于设计
恩施州全部中小水电站设计发电量合计48.16亿千瓦时，近三年平均发电量仅为36.33亿千瓦时，只达到设计水平的75%;达不到设计发电量的233座，占电站总数的84%;其中未达设计发电量80%的155座，占电站总数的56%，成为影响电站效益的重要因素之一。主要原因包括：一是设备设施老化的影响。运行年限较长的电站由于建设年代久远、设备设施老化、后续投入不足，造成水库、渠道淤积和渗漏，导致调节能力降低、过流能力减弱，机电设备无法达到额定出力。二是其它用水增加影响发电。许多中小型水电站承担着防洪抗旱、供应城乡人畜饮水、农田灌溉、烟水配套工程、旅游等任务，随着经济社会的发展，各方面用水需求越来越大。据初步统计，仅国电恩施公司就有19座电站因烟水配套工程供水、城镇供水等原因发电受到影响，年供水量3.42亿立方米，涉及电站装机2.16万千瓦，年减少发电5458万千瓦时，占受影响电站设计发电量的76%。其它用水与发电用水之间的矛盾今后将越来越突出。
4.政策性影响和历史负担
从20**年12月1日起，我省水力发电水资源费从0.003元/千瓦时上调到0.005元/千瓦时;装机25mw以上的水电站不论有无水库均需按0.008元/千瓦时缴纳库区基金。这些因素在目前的水电定价过程中未能得到考虑。
由于历史原因，上世纪90年代以前的水电站一般由政府主持举地方之力建设。目前仍有部分电站的水工设施属水利部门管辖，电站发电用水需缴纳水费，标准从0.015元/千瓦时—0.078元/千瓦时不等(平均水费为0.045元/千瓦时)，占电价的6%—27%，水费标准最高的高桥、月亮岩、福宝山水电站，水费分别为0.078、0.064、0.069元/千瓦时，占电价的24%、25%、27%。xx县新峡、排砂沟、塘口等电站需向库区移民支付粮食补贴，随着粮价上涨，粮食补贴也不断提高，20**年达257万元/年，占电站年发电收入的7.3%(0.024元/千瓦时)，最高的新峡电站粮食补贴占发电收入的29%(0.093元/千瓦时)。成为电站的沉重负担。
在上述因素共同推动下，水电站运行成本快速上升，20**年平均度电含税成本达0.4006元/千瓦时，超出20**年恩施州水电上网均价(0.3448元/千瓦时)0.0558元/千瓦时。