(三)影响效益的其它因素
1.电量问题
水电站受降水和调节能力的限制，很难达到电网规定的电量结构要求，导致结算时产生很多违约电量，按发电量的1.5%扣减，减少了企业收入。
2.对防洪和电网安全的贡献未得到体现
有调节能力的电站受省内核批上网电价最高价格的限制，没有体现优质优价原则。恩施州有38座电站具有季调节以上的调节性能，承担着防洪、调峰、调频等功能，为了防洪需要和电网运行安全，经常不得不低水位运行，影响正常发电，造成实际发电量减少;为了适应电网调度管理，经常频繁开停机或处于旋转备用状态，造成机组损耗加快和运行维护费用增加。这些水电站为地区电网稳定和防洪安全做出了很大贡献，但受最高电价和现行电价机制的限制，这些贡献缺乏补偿的途径。
3.中小水电企业融资困难
水电企业受降水影响，现金流极不稳定，常需融资解决短期资金困难，但中小企业银行融资极为困难，很多企业不得不依靠民间融资，利率常高达银行利率的2—4倍，给企业造成了沉重的财务负担。
4.税收优惠政策难以落实
为了鼓励水电清洁能源的开发，国家先后出台了一系列税收优惠政策。恩施州绝大多数电站装机在5万千瓦以下(277座，占电站总数的98%)，应可以享受6%的增值税优惠税率，但由于各方面原因，一直难以全面落实。目前，恩施州主要落实了未单独核价电站6%增值税税率，并于2015年7月1日起下调至3%，但单独核价电站仍执行17%增值税率(92座电站，总装机132.33万千瓦，占全州中小水电装机的90%)。
(四)上网电价水平偏低
调查显示，恩施州中小水电20**年上网均价为0.3448元/千瓦时。5万千瓦以上的6座电站平均上网价格为0.3664元/千瓦时，5万千瓦以下的277座电站平均上网价格为0.3364元/千瓦时，其中1万千瓦以下的248座电站平均上网价格为0.3044元/千瓦时。所有水电站上网价格远低于全省各类电站平均上网价格。
由于水电上网价格长期保持相对稳定，各种减利因素大部分需企业自行消化，目前大多数水电企业均处于亏损或严重亏损状态，部分企业已陷入资不抵债的窘境。水电企业经营状况的恶化，导致对电站投入严重不足。一些安全隐患得不到及时处理，更新改造资金匮乏，只能通过不断的拼设备维持简单再生产，严重影响了恩施州水电企业的正常生产经营。另外，在现行电价水平下，新建水电项目收益率低下，与其它发电形式相比不具备比较优势，严重影响了投资者和金融机构对水电产业的投资信心，在建项目融资困难，前期项目推进缓慢，产业发展举步维艰。水电上网价格已成为制约恩施州水电产业发展的重要因素之一。