全琮字子璜，吴郡钱唐人也。父柔，汉灵帝时举孝廉，补尚书郎右丞，董卓之乱，弃官归，州辟别驾从事，诏书就拜会稽都尉。孙策到吴，柔举兵先附，策表柔为丹阳都尉。
孙权为车骑将军，以柔为长史，徙桂阳太守。柔尝使琮赍米数千斛到吴，有所市易。琮至，皆散用，空船而还。柔大怒，琮顿首曰：“愚以所市非急，而士大夫方有倒悬之患，故便振赡，不及启报。”柔更以奇之。是时中州士人避乱而南，依琮居者以百数，琮倾家给济，与共有无，遂显名远近。后权以为奋威校尉，授兵数千人，使讨山越。
建安二十四年，刘备将关羽围樊、襄阳，琮上疏陈羽可讨之计，权时已与吕蒙阴议袭之，恐事泄，故寝琮表不答。及禽羽，权置酒公安，顾谓琮曰：“君前陈此，孤虽不相答，今日之捷，抑亦君之功也。”於是封阳华亭侯。
黄武元年，魏以舟军大出洞口，权使吕范督诸将拒之，军营相望。敌数以轻船钞击，琮常带甲仗兵，伺候不休。顷之，敌数千人出江中，琮破之，枭其将军尹卢。
七年，权到皖，使琮与辅国将军陆逊击曹休，破之於石亭。是时丹阳、吴、会山民复为寇贼，攻没属县，权分三郡险地为东安郡，琮领太守。至，明赏罚，招诱降附，数年中，得万馀人。
嘉禾二年，督步骑五万征六安，六安民皆散走，诸将欲分兵捕之。琮曰：“夫乘危徼幸，举不百全者，非国家大体也。今分兵捕民，得失相半，岂可谓全哉？纵有所获，犹不足以弱敌而副国望也。如或邂逅，亏损非小，与其获罪，琮宁以身受之，不敢徼功以负国也。”
为人恭顺，善於承颜纳规，言辞未尝切迕。初，权将围珠崖及夷州，皆先问琮，琮曰：“以圣朝之威，何向而不克？然殊方异域，隔绝障海，水土气毒，自古有之，兵入民出，必生疾病，转相污染，往者惧不能反，所获何可多致？猥亏江岸之兵，以冀万一之利，愚臣犹所不安。”权不听。军行经岁，士众疾疫死者十有八九，权深悔之。后言次及之，琮对曰：“当是时，群臣有不谏者，臣以为不忠。”