七年，孙权到安徽，派全琮和辅国将军陆逊进攻曹休，在石亭打败了敌人。这时，丹阳、吴和会山的百姓又被逼成了寇贼，攻下了属县，孙权把三郡险地划归东郡，全琮做太守。全琮一到任，赏罚分明，招抚降将归附，几年中，共有一万多人。
嘉禾二年，全琮督率五万步兵和骑兵征讨六安，六安百姓都四散逃走，诸将想要分兵抓捕他们。全琮说：“冒险希望得到意外的成功，采取行动不能做到百无一失，不是从国家大局考虑的。现在分兵抓捕民众，得失各半，难道可以说是百无一失吗？即使有所捕获，还不足以削弱敌人而与国家的威望相称。如果有意外，损失不小，与其获罪，全琮宁愿亲自承担罪责，不敢求功而辜负国家啊。”
全琮为人谦恭和顺，善于看脸色劝谏，言辞不曾触犯君主。当初，孙权将要围攻珠崖和夷州时，都是先请教全琮，全琮说：“凭我们吴国的威势，攻向哪儿，哪儿不被攻克？然而远方异域，大海阻隔，水土潮湿有瘴气，自古就有，军民进出，一定会生病，相互传染，去的人都害怕不能活着回来，攻克所获又怎能多得？损失江岸的士兵，希望获取万分之一的利益，我还是有所担心的。”孙权没有听从他的建议。部队出征一年后，因疾病瘟疫而死的士卒十有八九，孙权大为悔恨。后来说到这件事时，全琮回答道：“在这个时候，群臣中有不敢直言进谏的，我认为（他们）是不忠的。”
全琮被亲近器重之后，家族人员也一起蒙受恩宠，朝廷的赏赐累计达千金，他还是谦逊待人，从不在脸上流露出骄傲的神情。
《吴书》上说：“当初，全琮为将很勇敢果断，每当大敌当前，奋不顾身。等到做了统率，注重修养威严，办事稳重，每次抗击敌军，时常凭借计策取胜，不谋取小利。”