于是，钱永健又从海洋学转到了生理学，并获得博士学位。当时，他的研究主要侧重于人脑，这对于他来说更有研究乐趣。
在钱永健看来，人脑是一部让人心醉的织布机，“它需要更为熟练、更为精细、更有创造性的方法把碎片拼织起来”。此后，他又“回归”化学，开始了自己对于绿色荧光蛋白的研究之路。
获得诺贝尔奖之后，钱永健说：“我这些天的任务就是坐在电脑前回复电子邮件、完成各种报告。”对于他来说，下一步的目标，是自己的发明能应用于癌症研究。
钱永健对于荧光蛋白是否可以用在神经生物学以及癌症研究方面特别有兴趣。他的父亲和博士导师就是因为癌症而死。“我的父亲得了胰腺癌，诊断出来6个月后，就离开了我们。”
“我一直想在临床方面做一些与我事业相关的事，”他说，“如果可能的话，癌症就是终极挑战。”
“我的DNA来自中国，我们家是一个中国文化和美国文化的混合体”
中国是钱永健生命里无法回避的主题之一，众多记者对他的华裔身份表现出了极大的兴趣。在回答“与中国有什么联系”时，在美国出生并长大的钱永健显示了他的幽默：“我的DNA来自中国，我还有不少亲戚在那里。我们家是一个中国文化和美国文化的混合体。”
自1957年杨振宁、李政道首开华裔科学家获诺贝尔奖先河，钱永健已成为第七位获此殊荣的华裔科学家。
钱永健表示，华裔科学家获得诺贝尔奖会令华人感到骄傲和自豪，也能激励更多的中国年轻人投身于科研事业。“因为我是华裔，可能很多中国人受到很大鼓舞，希望更多的中国年轻人也能投身到基础理论研究中来。”
在北京得到钱永健获奖消息的钱学森老先生很高兴，向钱永健表示了祝贺：“永健虽然出生在美国，但他父母都是堂堂中国人，因而此次获奖既是中国人的光荣，也是我们钱家人的光荣，可喜可贺。” 大约三四年前，钱永健曾经陪同母亲和夫人到中国，爬黄山、逛北京，“有很多快乐的回忆”。