四十四年，李邦华称病回乡。当时一群小人都在竭力排挤东林党人，把邹元标指为东林党魁。邦华与元标是同乡，相互之间是师友关系，他的脾气又喜欢辨别是非。有人劝他做人要圆滑一些，李邦华说：“我宁做陈旧的学问，也不做反复无常的小人。”那些人听说后更加恨他了。第二年，根据年限规定把李邦华调出做山东参议。他的父亲李廷谏当时任南京刑部郎中，也被罢官回家了。李邦华于是就推辞生病，没有去赴任。
天启元年四月，朝廷提升他为右佥都御史，让他去接替毕自严做天津巡抚。李邦华到任后极力加以整顿，使津门军成了各镇的表率。四年夏天李邦华抵达京师，阉党大吵大闹，说枢辅孙承宗在万寿节来朝见皇上时将要清除皇上身边的坏人，实际上是邦华让他来的。熹宗皇帝立刻勒令承宗返回驻地，李邦华自己请病假回去了。第二年秋天，阉党弹劾并削除了邦华的官籍。
崇祯二年春，命李邦华加任兵部尚书。京营原来就有占役、虚冒的弊端。占役就是士兵为各将领服劳役。虚冒就是部队没有这么个人，诸将及勋戚、宦官、豪强以自家的仆人冒充军队中的壮丁，每个月支取一份厚饷。李邦华加以清查，收回了占役士兵一万人，清理虚冒一千人。三大营兵力十多万人，有一半是老弱之人。按照惯例，京营部队名额短缺时允许报加，这些老弱之人大都是通过贿赂进来的。邦华对各营士兵都亲自加以考试，不是年轻力强的一概不录用，从此京营中很少有随便充数的士兵了。
十五年冬季，李邦华掌管南京都察院的事务，不久接替刘宗周当了左都御史。十七年二月，李自成攻下了山西。李邦华秘密上书请求皇帝坚守京师，仿照永乐年间的旧例，让太子到南京监督国事。皇帝说：“国君为国家而死是本分，朕的主意已经定了。”于是拒绝考虑李邦华的办法。不久，贼寇兵临都城，李邦华带着御史们想登城参战，一群宦官挡住他们，使他们不能上去。十八日，外城失守，邦华跑到文信国的祠堂里过夜。第二天，内城也失守了，李邦华于是对着信国的木像作了三个揖说：“李邦华死于国难，请跟随先生到九泉去吧！”接着他上吊自杀了。追赠李邦华为太保、吏部尚书，谥号忠文。