郭沫若易学成就的另外一方面是他有研究问题的科学方法。这主要表现在：
(一)辩证唯物主义和历史唯物主义的理论
是郭沫若的易学研究的科学方法之一。郭沫若在评价自己的研究时说：“这是‘用科学的历史观点研究和解释历史’的草创时期的东西。”?[5]正是用科学的方法作为指导思想看待和研究《周易》中的一些问题，才使他的研究成果令人信服。如男根女阴说，《周易》非一时一地一人所作及其对《周易》时代的社会生活和社会结构的分析。通过唯物主义的历史分析，使人们对《易经》时代的社会形态、生产生活状况及上层建筑情况有了较为深刻的认识。这也是我们在今后的易学研究中应当借鉴和吸收的思想精华。也正是运用了科学的历史观，郭沫若才开辟了新的研究角度，取得了科学的结论。这一点再一次说明唯物史观的科学方法是我们进行研究时所必须遵守的方法。
(二)经传分治的方法
郭沫若在研究中还贯彻了经传分治的思想，这使他的研究更为清楚和科学。比如在对《周易》进行社会分析时，他指出：“让《易经》自己来讲《易经》，揭去后人所加上的一切神秘的衣裳，我们可以看出那是怎样的一个原始人在作裸体跳舞。”“《易经》的挂名次第，那简单的程度也不过如像杜鹃的叫声一样。……我们可以说《易传》的观念是传《易》人自己的观念，他以自己的观念输入那卦序里面……”他明确地认识到了经、传是不同的，他们代表了各自不同的社会背景和思想，以传解经是靠不住的。
经传分治的观点是很了不起的，只有经传分治，我们才能更清楚认识经传的性质，才能进行更科学的研究，这是我们在易学研究中应当坚持和遵守的方法。时至今日人有不少学者将经传合治，这使易学中的许多本来很简单的问题变得更加复杂起来。这应当引起我们的高度重视。