像山泉一般的温馨婚姻
后来周海婴才知道，他们这个系正另筹建一个系属于绝密单位，对外只叫代号“五四六信箱”（后来公开了，称“技术物理系”），为国家“两弹”培养人才。不过，周海婴刚去时“技物系”的大楼刚刚落成，还是个空壳壳。就在这样什么都还不具备的条件下，朱光亚和虞福春两位教授带领他们一边学习，一边干了起来。
因为一切都是白手起家，因此周海婴那时的具体工作，是在张至善同志领导之下制作实验室的仪器和各种设备。因为外国绝对禁止向我国出口这类器材，他们只有自力更生一条路。为了完成任务，有时周海婴得拿了二机部的介绍信到处跑，寻觅稀缺的材料。好在无论到哪里，也不管多高的保密级别，都能够敞开仓库大门，任凭他随意挑选，要啥给啥，绝无二话。
当时周海婴的表现极好，大家都知道他是鲁迅的儿子，但他从来都和别的同事一起踏实工作，没有一点架子，有时甚至付出的比别人还多，钱三强教授有意调他去他主持的物理研究所。但事与愿违，就是因为表现极好的周海婴，两个单位都想争着要他，协商结果出来，北大不予放行。
也许是上天眷念，也许是鲁迅对他的保佑，周海婴到了北京几年过后，那一直折磨他的哮喘竟然无形中消失了。又正值青春年华，心里满怀革命理想，干劲十足，受到领导和同事的好评，并被吸收入党。周海婴大学毕业，开始从事无线电的有关工作，一直以来，周海婴脚踏实地地走好每一步，就这样，他头上的光环虽然重，但他自己也没有被光环所遮盖。
1953年4月20日，他们的大儿子出生。周海婴和母亲商量，为了纪念父亲，给儿子起了鲁迅早期用过的笔名“令飞”。后来，他们又有了二儿子、三儿子和女儿。
也许淡薄名利的思想对于周海婴来说已是深入骨髓，周海婴1955年5月加入中国共产党，随之在无线电专家这条道路上前进深入。周令飞的出生毫无疑问给周家带来了下一代的希望，早前，鲁迅逝世后，鲁迅一家被咒断子绝孙，许广平看到自己有了孙子很是欣慰。而周海婴怕鲁迅的光环再给他的儿子加上，所以，在外面他很少提及鲁迅及儿子。
对子女的教育，周海婴与鲁迅一样，“顺其自然，极力不多给他打击，甚或不愿拂逆他的喜爱，除非在极不能容忍、极不合理的某一程度之内”。 父亲当年怎样对他，他后来就怎样对孩子。儿女们想做什么样的工作，想过什么样的生活，包括婚姻大事，都由他们自己决定。
1982年，周令飞在日本留学时结识了台湾女子张纯华，并随她赴台结婚、定居，一时间成为轰动海内外的新闻。周海婴受鲁迅思想教育的影响对孩子一向采取顺其自然的态度，对婚姻无门户之见，也是由孩子自主决定。因此，当坠入爱河的周令飞决定赴台，周海婴是予以理解和接受的。周海婴曾两次访问台湾，一次是两岸关系交流，另一次则是探亲。直到21世纪后，周海婴夫妇在台北儿子的家住了半年时间。他们不接触传媒、不参加任何活动，闭门谢客，用周海婴的话讲，是“全身心地放松、休息”，与儿孙们共享难得的相聚。
周海婴与马新云一共有三儿一女、四个孙子一对孙女，在他们开放式的教育下，儿女们都没有任何精神上的负担，甚至都没有从事文学创作的，只有周令飞搞影视传播，算是跟文艺沾点儿边。
这些孩子们读鲁迅作品也不是很多。也许时代变化了，也许他们各有志向。
周海婴对孩子们非常满意，晚年经常拿出大相册，看看这个，又看看那个，想得厉害了，就拿起电话打过去。
2011年4月7日，清晨5点36分，周海婴逝世，一直陪在病床旁的马新云在周海婴临终时握着他的手对他讲：“本来想等到我死以后，你再离开，没想到，是我送走你。”60年的婚姻已经让夫妻俩一个眼神，就能明白彼此的想法，一句话，就能让心灵安息，就这样马新云安然送走了周海婴，她并没有过多的伤心，因为她明白人之终老，必有一死。而周海婴临死之前也让她给儿女们叮嘱：“踏实走好每一步，万不可做空头文学家与其它，把鲁迅精神世代传颂。”