绍兴三十一年(1161年)秋，宋金关系紧张，金统治者完颜亮分兵四路南进，马踏长江北岸。宋高宗准备出海南逃，由于右相陈康伯竭力劝阻而作罢。不久宋军击溃金兵，消息传至当时朱熹求学的延平，朱熹为民族的胜利欣喜若狂，写下了庆贺的诗篇，表达他不可抑制的喜悦心情。同时，他又给负责军事的大臣写信，指出必须乘胜出击，坐视中原而不进取是不明智的。不久高宗退位，孝宗继立，在广大军民要求的压力下，起用了抗战派张浚，平反了岳飞的冤案，贬退了秦桧党人，朱熹这时上奏孝宗，提了三项建议：(一)讲求格物致知之学;(二)罢黜和议;(三)任用贤能。在奏章中鲜明表达了他的反和主张。这一奏章使朱熹得幸被召。他赶至临安，正值宋军失利，朝廷派人议和，朱熹仍强烈反对，在孝宗接见时连上几道奏章，慷慨陈词。孝宗有感朱熹的忠心，命其为开学博士侍次，此职非其所长，未免有点讽刺。朱熹乘机面见张浚，提出北伐中原的具体想法。但不久张浚罢相，出任外地，病死途中。朱熹专程赶至豫章(今南昌)哭灵，痛惜抗金受挫。此时朝廷内主和派势力猖獗，金兵渡过淮水。朱熹对此忧心如焚，但难有所为。隆兴元年(1163年)，朱熹回福建崇安，临行前在给友人的信中写道：“夫沮(阻)国家恢复之大计者，讲和之说也;坏边陲备御之常规者，讲和之说也;内(拂)吾民忠义之心，而外绝故国来苏之望者，讲和之说也……尖锐地抨击了那些议和投降派。
1164年，金朝打压宋朝，隆兴协议之后，宋金结为侄叔，关系暂时缓和下来，朱熹便一头钻进理学中去了。他在故里修起“寒泉精舍”，住此十余年，编写了大量的道学书籍，并从事讲学活动，生徒盈门。这一期间他对朝廷屡诏不应。1178年朱熹东山再起，出任“知南康军”，尽管他重新入仕，却未忘自己的学者身份。在庐山唐代李渤隐居旧址，建立“白鹿洞书院”进行讲学，并制定一整套学规。即：“父子有亲、君臣有义、夫妇有别、长幼有序、朋友有信”的“五教之目”。