后来司马颖让陆机领兵20万讨伐司马乂，结果大败。与这位身负重名的南方文人不和的北方将领不说陆机不会打仗，却说他通敌反叛。而被陆云得罪过的司马颖亲信本来对二陆心存歹念，于是内外勾结，大肆污陷。结果，不仅杀了陆机，而且将与此事毫不相干的陆云等人也杀了，“夷灭三族”，甚至将陆机司马孙拯拷掠致死，也“夷三族”了事。
由于陆云居官清正，许多爱才好士的官员纷纷上疏司马颖，要求他谨慎从事，不要株连陆云，并指出：“机兄弟并蒙拔擢，俱受重任，不当背罔极之恩，而向垂亡之寇。”“统等区区，非为陆云请一身之命，实虑此举有得失之机。”然而，尽管多次竭力救授，但司马颖被亲信包围蒙蔽，陆云还是被害了，时年四十二岁。
历史是复杂的，陆云被害的原因被湘城人误认为是私放军粮，并念至千年，让人感慨万千。陆云祠多次重修，祠内还有明清的石碑、石础、石柱，其中北墙的《晋大将军右司马陆士龙祠记碑》为明朝徐有贞所撰。
碑文全文如下：
重修陆士龙祠堂记
相城土地神庙祀晋代陆云。相传晋惠帝时河洛之间战争不息，云奉命催饷，道出相城时遭灾，歉民有饥色，云惄焉心伤，即以所催之饷尽数振施。民得生活，报其恩，崇其德，遂立庙以祀之，至今相城市河曰：“济民塘”，桥曰：“济民桥”，乃纪陆云振拖之绩，示不忘也。虽然由晋迄今一千六百三十余年，朝市屡更，庙貌如故，岂无衰败？兴者有之，岂无损伤？修者有之，古人有非常之功德，定受非常之庙祀，尤须得地方之人维持保护，如历久而不渝。斯庙也，自明沈隐君贞吉重修以来，年深久月，栋为之折，榱为之崩，垣为之坍，壁为之倒。岁在民国癸亥，里人姚君集耆老而告之曰：地方有社庙毁圮如是，其何以安神灵而崇先德乎？苟议兴修，先筹经费，皆应曰：“诺”！于是，始则劝，继则募，终则捐。廉以助不足，招大工、购良材，凡宋削、鲁斤、燕函、粤□，咸集於斯。君乃营心斤、动静神斧，规之以圆矩之方，隼平而绳直，经营擘画，口讲指使，不期月而庙工成，殿宇重新规制焕大，香火由此盛，神灵由此显，祥瑞由此集，人口由此安，皆赖姚君力。姚君，字士青，名文徵，其为人也善，急存心利济，如浚河、筑灞、铺路、修桥等事，靡不乐为之倡，至於排人难解人纷，是余事耳！乌足纪亦不胜纪，自揣不文姑为之记。 民国十六年岁在丁卯嘉平月谷旦同里施兆麟谨撰
吴郡邹念生刻石
碑文记载的是民国十六年重修陆云祠堂的经过，也可以看出在此之前应该是明代沈周伯父沈贞吉重修。
近日在网上看到一则邢台任县台南村陆机墓被盗的网文，还有些现场照片，仅存些零乱的尸骨烂砖，很是痛心，只是无法肯定墓的真伪，遥想那场血腥的“夷三族”，谁来收尸啊，不禁心寒，而湘城土地庙里一千七百年的香火，闪着温暖的光芒。
文武全才的陆云，在湘城决定放粮救灾的一瞬，怎会想到湘城人会感恩千年！
陆云字士龙，曾任清河内史等职。其诗颇重藻饰，文才与陆机齐名。共著诗文三百余篇，编为文集十卷，今已散失。后人辑有《陆士龙集》。