第二部分(第2、3段)写小石潭中的游鱼和潭的水源。也分两层。
第一层(第2段)写潭中游鱼的情趣。“潭中鱼可百许头，皆若空游无所依。”对潭中游鱼数目竟一目了然，不只表明了水的“清洌”，又暗示了石潭之小。“空游无所依”也贴切地描绘了鱼儿的动态。“目光下彻，影布石上，怡然不动”写静态，“傲尔远逝，往来翕忽”写动态。从这动静交错的描写中作者刻意抒写了鱼儿的“欢乐”，“似与游者相乐”。人迹罕至，幽深寂静的环境，竟透出如此盎然生意，不能不令人怦然心动。短短的几十个字，把物态、物情、感受全写出来了。
第二层(第3段)写潭的水源。“潭西南而望”写水源方向。抬头远望，这一层又是由近及远地写了。“斗折蛇行”，北斗横陈，静态，蛇行蜿蜒，动态。“明灭可见”，写远望那溪流时隐时现的景观。“其岸势犬牙差互”，用几个字扩展一笔，写出了溪流的“岸势”。而溪水来路迷离扑朔“不可知其源”，更使人感到又有一层神秘。文句虽短，但韵味隽永。
以上两幅图画，一幅是潭的近景，一幅是潭的远景，写得都极为真切。
第三部分(第4段)写小石潭的气氛和作者的感受。“四面竹树环合，寂寥无人”照应了开头的“隔篁竹”，又进一步描绘了环境的清幽。“凄神寒骨，悄怆幽邃”这八个字是全文的点睛之笔，它既概括了小石潭环境清幽的特点，又深深浸透了作者凄苦、悲凉的感情，反映了当时很压抑的心境。“以其境过清，不可久居”写了他离开小石潭的原由。这一句是“曲笔”;并非是作者的游兴已尽，实在是触景生情，忧伤之至，不能不赶快离开这儿了。从这层意思上，可以看出作者借山水求解脱而又最终无法解脱的深沉的痛苦。